The Complete Genome Sequence of Clade B, Wheat StreakMosaic Virus Isolate from Turkey
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Wheat streak mosaic virus is one of the most widespread viruses in cereal crops, causing severe losses, dramatically affecting worldwide wheat production. Currently, four distinct clades of WSMV have been grouped and named: A (Mexico), B (Europe, Asia, Russia), C (Iran), and D (United States, Argentina, Brazil, Australia, Canada, Turkey). Each of these groups is based on genome-wide variability, emphasizing the CP. Previously reported Turkish wheat isolates of WSMV clustered within both clades D and B. However, the placement of the Turkish WMSV into clade B is only based on a partial genome sequence. Here, we used high throughput sequencing to assemble the complete genome sequence of WSMV type B isolate collected from wheat found in the European part of Turkey. Excluding the poly(A) tail, the genome of isolate S34Edirne (Genbank no. MZ405098) consists of 9,360 nucleotides and contains a single large open reading frame encoding a polyprotein of 3,033 amino acids. The characteristic lack of a GAG (Gly2761) codon within the CP of the polyprotein is typical for the clade B, WSMV-ΔE isolates, which are widely found throughout the European continent. However, two American isolates were recently placed in this group. Sequence comparisons revealed that WSMV Turkish wheat isolate is the most closely related to Czech isolate, with highly similar nucleotide and amino acid identities at 98.83-99.13%, respectively. The result of this study indicates that the WSMV full-length genome of S34Edirne isolate should be placed into clade B of the European WSMV-ΔE isolates.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».