Cloning, Bioinformatics and Expression Analysis of <i>SmWRKY53 </i>Gene in <i>Solanum melongena </i>L
Notice bibliographique
Résumé
In this study, SmWRKY53 gene was selected from the data of high temperture transcriptome and gene expression detection of "Tewangda" seedlings. It was then cloned, bioinformatics and preliminary expression analyzed. The results showed that the open reading frame of SmWRKY53 gene was 1 083 bp, encoding 360 amino acids. The 138-144 amino acids contain a typical "WRKYGQK" conserved domain, and the zinc finger structure is C 2 HC type, belonging to the Group Ⅲ subfamily. The homology comparison and phylogenetic tree analysis showed that SmWRKY53 was closely related to StWRKY53 of potato ( Solanum tuberosum ), and the homology is 91.41%. Bioinformatics prediction showed that SmWRKY53 was a basic and unstable hydrophilic protein with no signal peptide and transmembrane domain. The ratio of random coil in the secondary structure of protein was the highest, 63.89%. There was amino acid disorder structural regions in the SmWRKY53 protein. Subcellular localization prediction indicated that the protein was most likely located in the nucleus. Quantitative Real-time PCR results showed that the relative expression levels of SmWRKY53 was the highest in mature stem and the lowest in flesh. The expression of SmWRKY53 in roots, stems and leaves of eggplant seedlings first increased and then decreased, and reached the peak at 3 h under high temperature stress. This study provides the reference for further exploring the function of SmWRKY53 gene.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».