COMPREHENSIVE MULTIPLATFORM ANALYSIS OF CDKN2A ALTERATIONS IN MENINGIOMAS
Notice bibliographique
Résumé
Abstract BTFC travel award recipient In meningiomas, CDKN2A/B deletions are associated with poor clinical outcomes but are exceeding rare in most cohorts (1-5% of cases). Large molecular datasets are therefore required to explore these deletions and their relationship to other CDKN2A alterations that may be more common, but also prognostic on a transcriptomic, epigenomic, and/or copy number level. METHODS: We used multidimensional molecular data of 560 meningioma samples from 5 independent cohorts to comprehensively interrogate the spectrum of CDKN2A alterations through DNA methylation, copy number variation, transcriptomics, and proteomics using an integrated molecular approach, and utilized preclinical models to validate our findings. RESULTS: Meningiomas with either CDKN2A/B deletions (partial or homozygous loss) or an intact CDKN2A gene locus but elevated mRNA expression (CDKN2Ahigh) both had poor clinical outcomes. Increased CDKN2A mRNA expression was a poor prognostic factor independent of deletion status. CDKN2A expression and p16 protein also progressively increased with tumor grade and more aggressive molecular and methylation groups. CDKN2Ahigh meningiomas and meningiomas with CDKN2A deletions were enriched for similar cell cycling pathways but dysregulated at different checkpoints (G1/S vs G2/M). p16 immunohistochemistry was unreliable in differentiating between meningiomas with and without CDKN2A deletions, but increased positivity was associated with mRNA expression. CDKN2Ahigh meningiomas were associated with gene hypermethylation, Rb-deficiency, and lack of response to CDK inhibition. CONCLUSIONS: In meningiomas, CDKN2A mRNA expression consistently increases with biological aggressiveness, is prognostic independent of copy number loss, and may be used as an important prognostic biomarker with therapeutic implications for resistance to CDK4/6 inhibitors clinically.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».