Roles of inter- and intramolecular tryptophan interactions in membrane-active proteins revealed by racemic protein crystallography
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Tryptophan is frequently found on the surface of membrane-associated proteins that interact with the lipid membrane. However, because of their multifaceted interactions, it is difficult to pinpoint the structure-activity relationship of each tryptophan residue. Here, we describe the use of racemic protein crystallography to probe dedicated tryptophan interactions of a model tryptophan-rich bacteriocin aureocin A53 (AucA) by inclusion and/or exclusion of potential ligands. In the presence of tetrahedral anions that are isosteric to the head group of phospholipids, distinct tryptophan H-bond networks were revealed. H-bond donation by W40 was critical for antibacterial activity, as its substitution by 1-methyltryptophan resulted in substantial loss of activity against bacterial clinical isolates. Meanwhile, exclusion of tetrahedral ions revealed that W3 partakes in formation of a dimeric interface, thus suggesting that AucA is dimeric in solution and dissociated to interact with the phosphate head group in the presence of the lipid membrane. Based on these findings, we could predict the tryptophan residue responsible for activity as well as the oligomeric state of a distant homologue lacticin Q (48%).
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle