A Parkinson’s disease genetic risk score associates with blood DNAm on chromosome 17
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Although Parkinson’s disease (PD) coincides with altered immune functioning, there are few reproducible associations between blood DNA methylation (DNAm) and PD case-control status. Integrative analyses of genotype and blood DNAm can address this gap and can help us characterize the biological function of PD genetic risk loci. First, we tested for associations between a PD genetic risk score (GRS) and DNAm. Our GRS included 36 independent genome-wide significant variants from the largest GWAS of PD to date. Our discovery sample was TERRE, consisting of French agricultural workers (71 PD cases and 147 controls). The GRS associated with DNAm at 85 CpG sites, with 19 associations replicated in an independent sample (DIG-PD). The majority of CpG sites (73) are within a 1.5 Mb window on chromosome 17, and 36 CpG sites annotate to MAPT and KANSL1 , neighboring genes that affect neurodegeneration. All associations were invariant to non-genetic factors, including exposure to commercial-grade pesticides, and omitting chromosome 17 variants from the GRS had little effect on association. Second, we compared our findings to the relationship between individual PD risk loci and blood DNAm using blood mQTL from a large independent meta-analysis (GoDMC). We found 79 CpG sites that colocalized with PD loci, and via summary Mendelian randomization analysis, we show 25/79 CpG sites where DNAm causally affects PD risk. The nine largest causal effects are within chromosome 17, including an effect within MAPT . Thus, all integrative analyses prioritized DNAm on chromosome 17, drawing from multiple independent data sets, meriting further study of this region.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».