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Enregistrement W4385329373 · doi:10.1038/s41467-023-40214-z

The Gram-positive bacterium Romboutsia ilealis harbors a polysaccharide synthase that can produce (1,3;1,4)-β-d-glucans

2023· article· en· W4385329373 sur OpenAlexaff
Shu-Chieh Chang, Mu‐Rong Kao, Rebecka Karmakar Saldivar, Sara M. Díaz-Moreno, Xiaohui Xing, Valentina Furlanetto, Johannes Yayo, Christina Divne, Francisco Vilaplana, D. Wade Abbott, Yves S. Y. Hsieh

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueEnzyme Production and Characterization
Établissements canadiensAgriculture and Agri-Food Canada
Organismes subventionnairesNational Science and Technology CouncilUppsala UniversitetTaipei Medical UniversityMinistry of Science and Technology, TaiwanKungliga Tekniska HögskolanKnut och Alice Wallenbergs Stiftelse
Mots-clésPolysaccharideBacteriaGramMicrobiologyATP synthaseGram-positive bacteriaChemistryGram-negative bacteriaBiochemistryBiologyEscherichia coliEnzymeGeneGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract (1,3;1,4)-β- d -Glucans are widely distributed in the cell walls of grasses (family Poaceae) and closely related families, as well as some other vascular plants. Additionally, they have been found in other organisms, including fungi, lichens, brown algae, charophycean green algae, and the bacterium Sinorhizobium meliloti . Only three members of the Cellulose Synthase-Like ( CSL ) genes in the families CSLF , CSLH , and CSLJ are implicated in (1,3;1,4)-β- d -glucan biosynthesis in grasses. Little is known about the enzymes responsible for synthesizing (1,3;1,4)-β- d -glucans outside the grasses. In the present study, we report the presence of (1,3;1,4)-β- d -glucans in the exopolysaccharides of the Gram-positive bacterium Romboutsia ilealis CRIB T . We also report that RiGT2 is the candidate gene of R. ilealis that encodes (1,3;1,4)-β- d -glucan synthase. Ri GT2 has conserved glycosyltransferase family 2 (GT2) motifs, including D, D, D, QXXRW, and a C -terminal PilZ domain that resembles the C -terminal domain of bacteria cellulose synthase, BcsA. Using a direct gain-of-function approach, we insert RiGT2 into Saccharomyces cerevisiae , and (1,3;1,4)-β- d -glucans are produced with structures similar to those of the (1,3;1,4)-β- d -glucans of the lichen Cetraria islandica . Phylogenetic analysis reveals that putative (1,3;1,4)-β- d -glucan synthase candidate genes in several other bacterial species support the finding of (1,3;1,4)-β- d -glucans in these species.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,540
Score d'incertitude au seuil0,582

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,281
Écart entre enseignants0,266 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations35
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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