Germline Genetic Variants Associated with Somatic <i>TMPRSS2:ERG</i> Fusion Status in Prostate Cancer: A Genome-Wide Association Study
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The prostate cancer subtype defined by the presence of TMPRSS2:ERG has been shown to be molecularly and epidemiologically distinct. However, few studies have investigated germline genetic variants associating with TMPRSS2:ERG fusion status. METHODS: We performed a genome-wide association study with 396 TMPRSS2:ERG(+) cases, 390 TMPRSS2:ERG(-) cases, and 2,386 cancer-free controls from the Physicians' Health Study (PHS), the Health Professionals Follow-up Study (HPFS), and a Seattle-based Fred Hutchinson (FH) Cancer Center Prostate Cancer Study. We applied logistic regression models to test the associations between ∼5 million SNPs with TMPRSS2:ERG fusion status accounting for population stratification. RESULTS: We did not identify genome-wide significant variants comparing the TMPRSS2:ERG(+) to the TMPRSS2:ERG(-) prostate cancer cases in the meta-analysis. When comparing TMPRSS2:ERG(+) prostate cancer cases with controls without prostate cancer, 10 genome-wide significant SNPs on chromosome 17q24.3 were observed in the meta-analysis. When comparing TMPRSS2:ERG(-) prostate cancer cases with controls without prostate cancer, two SNPs on chromosome 8q24.21 in the meta-analysis reached genome-wide significance. CONCLUSIONS: We observed SNPs at several known prostate cancer risk loci (17q24.3, 1q32.1, and 8q24.21) that were differentially and exclusively associated with the risk of developing prostate tumors either with or without the gene fusion. IMPACT: Our findings suggest that tumors with the TMPRSS2:ERG fusion exhibit a different germline genetic etiology compared with fusion negative cases.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,003 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».