Sequential and interwoven requirements for HEB and Id3 in fetal gamma-delta T cell commitment and functional programming
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Two major developmental steps are necessary for the generation of innate IL-17 producing γδ T cells. First, T cell precursors in the fetal thymus commit to either the αβ or the γδ T cell lineage. This is followed by a second stage of differentiation into subsets that can produce either IL-17 (γδT17) or IFNγ (γδT1) cells. Both developmental events are dependent on TCR signal strength, but how this is interpreted at the molecular level has been unclear. Id3, which antagonizes the activity of HEB transcription factors, is upregulated in proportion to TCR signal strength, providing an important link between TCR signaling and gene expression. We previously found that γδ T cells in mice lacking HEB were impaired in IL-17 production. To better understand the molecular basis of this defect, we conducted single cell RNA-sequencing on fetal thymic γδ T cells. In WT cells, the ratio of HEB to Id3 was highest in populations undergoing γδ T cell commitment, whereas later populations were dominated by Id3. Comparing scRNA-seq datasets from WT and HEB-deficient γδ T cells revealed a profound shift in TCRγ and TCRδ chain expression. This was accompanied by a decrease in key regulators of early γδ T cell development. Id3 expression was also severely decreased. Accordingly, Id3-deficient mice were impaired in their ability to generate γδT17 cells. However, γδ T cells from Id3-deficient mice showed a decrease in second stage γδT17 regulators, rather than the first stage regulators defective in HEB-deficient mice. Therefore, distinct ratios of HEB and Id3 are required during the γδ T cell commitment, and HEB is instrumental in inducing Id3 to enable functional programming of γδT17 cells in the fetal thymus. Supported by grants from CIHR (201610PJT), NSERC (RGPIN-2020-05596) and NIH (1P01AI102853-06)
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».