Complete Hepatitis B Virus Sequencing using an ONT-Based Next-Generation Sequencing Protocol v1
Notice bibliographique
Résumé
This protocol outlines the process of generating complete Hepatitis B virus (HBV) primers from DNA extracts for next-generation sequencing using Oxford Nanopore Technology (ONT). Specifically, we have designed pan-genotypic tiling primers to cover the entire HBV genome for sequencing. The hands-on time required for a batch of 48 samples is minimal, approximately 1 hour and 30 minutes. This protocol is straightforward and can be easily adapted in settings where the ONT protocol for SARS-CoV-2 has been implemented. We provide detailed instructions for PCR amplification using HBV-specific tiling primers, sample pooling, library construction using the Rapid Barcoding Kit (SQK-RBK110.96), quantification using Qubit, and subsequent sequencing on the GridION platform. The Rapid barcoding protocol for up-to 96 samples "PCR tiling of SARS-CoV-2 virus with rapid barcoding (SQK-RBK110.96)" https://community.nanoporetech.com/protocols/pcr-tiling-of-sars-cov-2-virus-with-rapid-barcoding-sqk-rbk110/v/PCTR_9125_v110_revA_24Mar2021. This protocol describes a modified version of the 1200bp amplicon "midnight" primer set for nCoV-2019 (SARS-CoV-2) amplification, utilizing the Nanopore Rapid kit for MinION. The modification was developed by Nikki Freed. https://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.bwyppfvn and the original publication is found here : https://doi.org/10.1093/biomethods/bpaa014. Primers were all designed using Primal Scheme: http://primal.zibraproject.org/, described here https://www.nature.com/articles/nprot.2017.066. Primer sequences are here (and listed directly in the protocol) :
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,028 | 0,024 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».