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Enregistrement W4385738280 · doi:10.1016/j.ccell.2023.07.007

Proteogenomic insights suggest druggable pathways in endometrial carcinoma

2023· article· en· W4385738280 sur OpenAlexaff
Yongchao Dou, Lizabeth Katsnelson, Yingwei Hu, Boris Reva, Runyu Hong, Yi-Ting Wang, Iga Kołodziejczak, Rita Jui-Hsien Lu, Chia‐Feng Tsai, Wen Bu, Wenke Liu, Xiaofang Guo, Eunkyung An, Rebecca C. Arend, Jasmin Bavarva, Lijun Chen, Rosalie Chu, Andrzej Czekański, Teresa Davoli, Elizabeth G. Demicco, Deborah F. DeLair, Kelly A. Devereaux, Saravana M. Dhanasekaran, Peter R. Dottino, Bailee Dover, Thomas Fillmore, McKenzie E. Foxall, Catherine Hermann, Tara Hiltke, Galen Hostetter, Marcin Jędryka, Scott D. Jewell, Isabelle Johnson, Andrea G. Kahn, Amy T. Ku, Chandan Kumar‐Sinha, Paweł Kurzawa, Alexander J. Lazar, Rossana Lazcano, Jonathan T. Lei, Yi Li, Yuxing Liao, T. Mamie Lih, Tai‐Tu Lin, John A. Martignetti, Ramya P. Masand, Rafał Matkowski, Wilson McKerrow, Mehdi Mesri, Matthew Monroe, Jamie Moon, Ronald Moore, Michael Nestor, Chelsea J. Newton, Tatiana Omelchenko, Gilbert S. Omenn, Samuel Payne, Vladislav Petyuk, Ana I. Robles, Henry Rodriguez, Kelly V. Ruggles, Dmitry Rykunov, Sara R. Savage, Athena Schepmoes, Tujin Shi, Zhiao Shi, Jimin Tan, Mason D. Taylor, Mathangi Thiagarajan, Joshua M. Wang, Karl Weitz, Bo Wen, Claire Williams, Yige Wu, Matthew A. Wyczalkowski, Xinpei Yi, Xu Zhang, Rui Zhao, David G. Mutch, Arul M. Chinnaiyan, Richard Smith, Alexey I. Nesvizhskii, Pei Wang, Maciej Wiznerowicz, Li Ding, D.R. Mani, Hui Zhang, Matthew L. Anderson, Karin Rodland, Bing Zhang, Tao Liu, David Fenyö, Andrzej Antczak, Meenakshi Anurag, Thomas Bauer, Chet Birger, Michael J. Birrer, Melissa Borucki, Shuang Cai, Anna Calinawan, Steven A. Carr, Patricia Castro, Sandra Cerda, Daniel W. Chan, David Chesla, Marcin Cieślik, Sandra Cottingham, Rajiv Dhir, Marcin J. Domagalski, Brian Druker, Elizabeth R. Duffy, Nathan Edwards, Robert A. Edwards, Matthew J. Ellis, Jennifer Eschbacher, Mina Fam, Brenda Fevrier-Sullivan, Jesse Francis, John Freymann, Stacey Gabriel, Gad Getz, Michael A. Gillette, Andrew K. Godwin, Charles A. Goldthwaite, Pamela Grady, Jason Hafron, Pushpa Hariharan, Barbara Hindenach, Katherine A. Hoadley, Jasmine Huang, Michael Ittmann, Ashlie Johnson, Corbin D. Jones, Karen A. Ketchum, Justin Kirby, Toan Le, Avi Ma’ayan, Rashna Madan, Sailaja Mareedu, Peter B. McGarvey, Francesmary Modugno, Rebecca Montgomery, Kristen Nyce, Amanda G. Paulovich, Barbara L. Pruetz, Liqun Qi, Shannon Richey, Eric E. Schadt, Yvonne Shutack, Shilpi Singh, Michael Smith, Darlene Tansil, Ratna R. Thangudu, Matt Tobin, Ki Sung Um, Negin Vatanian, Alex Webster, George D. Wilson, Jason N. Wright, Kakhaber Zaalishvili, Zhen Zhang, Grace Zhao

Notice bibliographique

RevueCancer Cell · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiquePI3K/AKT/mTOR signaling in cancer
Établissements canadiensUniversity of TorontoMount Sinai Hospital
Organismes subventionnairesNational Institute of Environmental Health SciencesNational Cancer InstituteNational Institutes of HealthCancer Prevention and Research Institute of TexasNational Institute of General Medical SciencesBattelleU.S. Department of DefenseU.S. Department of EnergyPacific Northwest National LaboratoryLeidos
Mots-clésDruggabilityCancer researchWnt signaling pathwayBiologyProtein kinase BPhosphorylationCarcinomaBioinformaticsImmunotherapyMedicineOncologyInternal medicineSignal transductionCancerGeneGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

We characterized a prospective endometrial carcinoma (EC) cohort containing 138 tumors and 20 enriched normal tissues using 10 different omics platforms. Targeted quantitation of two peptides can predict antigen processing and presentation machinery activity, and may inform patient selection for immunotherapy. Association analysis between MYC activity and metformin treatment in both patients and cell lines suggests a potential role for metformin treatment in non-diabetic patients with elevated MYC activity. PIK3R1 in-frame indels are associated with elevated AKT phosphorylation and increased sensitivity to AKT inhibitors. CTNNB1 hotspot mutations are concentrated near phosphorylation sites mediating pS45-induced degradation of β-catenin, which may render Wnt-FZD antagonists ineffective. Deep learning accurately predicts EC subtypes and mutations from histopathology images, which may be useful for rapid diagnosis. Overall, this study identified molecular and imaging markers that can be further investigated to guide patient stratification for more precise treatment of EC.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,080
Score d'incertitude au seuil0,797

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,021
Tête enseignante GPT0,250
Écart entre enseignants0,228 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations53
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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