Evaluation of the liquid colony for identification and antimicrobial susceptibility testing directly from positive blood cultures
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Sepsis represents a time-sensitive disease requiring early therapeutical intervention to avoid adverse patient outcomes. Rapid microbiological diagnosis is essential to investigate sepsis aetiological agents. The FAST™ system (Qvella, ON, Canada) provides a concentrated microbial suspension, known as a Liquid Colony™ (LC), directly from positive blood samples (PBCs) in 30-40 min to perform rapid identification (ID) and antimicrobial susceptibility testing (AST). METHODS: Qvella's FAST™ System and FAST PBC Prep cartridges were tested on PBCs from the Policlinico Hospital of Catania during a six-month study. Two millilitres of PBC were converted into an LC for rapid ID and AST using Bruker Biotyper Sirius MALDI and BD Phoenix systems. Standard of care (SOC) methods were used as a reference, requiring 48-72 h. Agreement between the innovative technology and the standard method was calculated. RESULTS: FAST System processing was performed on 100 monomicrobial PBCs. Median turnaround times from blood cultures flagging positive to ID and AST completion were 2 and 26 h respectively. Therefore, the LC procedure was 24 h faster than the median turnaround times for SOC methods. 100% ID identification concordance was observed across 48 Gram-negative bacteria, 42 Gram-positive bacteria and 11 yeast for the genus level. 78% of Gram-negative and 95% of Gram-positive bacteria were resistant to ≥ 2 antimicrobial agents, including 45% (15/33) carbapenem-resistant enteric Gram-negative bacteria and 90% (28/31) oxacillin-resistant staphylococci. An AST essential agreement of 100% was observed due to the absence of MIC discrepancies > 1-fold dilution. Categorical errors were not observed due to the absence of MIC categorization discordances. Yeast AST was not performed. CONCLUSIONS: The Qvella FAST System produces an LC that reliably reflects the MALDI spectra and phenotypic antimicrobial susceptibility profile of microbial cells growing in the blood culture. Timely processing of PBCs with the Qvella FAST System enables sepsis diagnostic confirmation 1 day sooner than the standard methods. In line with these results, it is vital now to focus attention on establishing best practices for incorporating this strategic tool into the clinical microbiology laboratory workflow.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».