SARS-CoV-2 variants Omicron BA.4/5 and XBB.1.5 significantly escape T cell recognition in solid organ transplant recipients vaccinated against the ancestral strain
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Immune-suppressed solid organ transplant recipients (SOTRs) display impaired humoral responses to COVID-19 vaccination, but T cell responses are incompletely understood. The highly infectious SARS-CoV-2 variants Omicron BA.4/5 and XBB.1.5 escape neutralization by antibodies induced by vaccination or infection with earlier strains, but T cell recognition of these lineages in SOTRs is unclear. Methods We characterized Spike-specific T cell responses to ancestral SARS-CoV-2, Omicron BA.4/5 and XBB.1.5 peptides in a prospective study of kidney, lung and liver transplant recipients (n = 42) throughout a three- or four-dose ancestral Spike mRNA vaccination schedule. Using an optimized activation-induced marker assay, we quantified circulating Spike-specific CD4+ and CD8+ T cells based on antigen-stimulated expression of CD134, CD69, CD25, CD137 and/or CD107a. Results Vaccination strongly induced SARS-CoV-2-specific T cells, including BA.4/5- and XBB.1.5-reactive T cells, which remained detectable over time and further increased following a fourth dose. However, responses to Omicron BA.4/5 and XBB.1.5 were significantly lower in magnitude compared to ancestral strain responses. Antigen-specific CD4+ T cell frequencies correlated with anti-receptor-binding domain (RBD) antibody titres, with post-second dose T cell responses predicting subsequent antibody responses. Patients receiving prednisone, lung transplant recipients and older adults displayed weaker responses. Conclusions Ancestral strain vaccination stimulates BA.4/5 and XBB.1.5-cross-reactive T cells in SOTRs, but responses to these variants are diminished. Antigen-specific T cells can predict future antibody responses and identify vaccine responses in seronegative individuals. Our data support monitoring both humoral and cellular immunity in SOTRs to track effectiveness of COVID-19 vaccines against emerging variants.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».