384. ROBUST CULTURE OF PATIENT-DERIVED ESOPHAGEAL ADENOCARCINOMA ORGANOIDS OF SINGLE CELL LINEAGE
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Esophageal adenocarcinoma (EAC) has a high mutational rate leading to significant intratumoral heterogeneity. We have previously generated patient-specific organoid models of EAC from endoscopic biopsies and resection specimens. It is unclear whether intratumoral heterogeneity is retained in these organoid models, but we did observe morphologic heterogeneity in these organoid cultures. In this study, we sought to generate methods to isolate clonal organoids from patient-derived EAC organoid cultures. Methods Patient derived EAC organoids were resuspended into single cell solution and dead cells were stained with DAPI. Automatic cell sorter was used to pipette a single live cell into Matrigel coated 96 well plate. Single cell per well was pipetted and checked within 24 hours using light microscope. Cells were coated with a second coat of Matrigel and media and allowed to grow into full size organoids. Organoids of single morphology were expanded and collected for further analysis. Results We have established a high-throughput method to culture patient-derived organoids deriving from a single cell, allowing for lineage analysis. Organoids grown from a single cell take up to 21 days to grow to a full-sized organoid of distinct morphology. We identified 4 distinct EAC organoid morphologies which we have designated: solid, cystic, budding, and grape. Conclusion Isolating EAC organoid morphology is the first step in studying inter- and intra- tumour heterogeneity in EAC organoids. This method allows for studying morphology-transcriptome and morphology-drug response correlations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».