383. DEVELOPMENT OF PERSONALIZED ‘LIQUID BIOPSY’ FOR ESOPHAGEAL ADENOCARCINOMA FROM MATCHED ORGANOID CULTURE
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Recurrent mutations are not a hallmark of esophageal adenocarcinoma (EAC). This challenges the identification of circulating tumor DNA in the plasma and can limit the development of liquid biopsy strategies. We have cultured patient-derived EAC organoids and hypothesize that these can be used as a roadmap for the identification of circulating tumor DNA in the corresponding patient’s blood. Methods EAC tumor tissue from patients was processed to generate patient-derived organoids (PDOs) in Matrigel domes. Established PDOs were then scaled-up in suspension culture. To isolate mononucleosomes (147 bp), chromatin from these cells was extracted and digested with micrococcal nuclease (MNase). Right size selection was used to remove DNA larger than the targeted 147 bp. Next Generation Sequencing will be performed for nucleosome mapping and to generate a personlized SNV map. Using the SNV map, a personalized PCR panel will be developed to detect circulating tumor somatic variants in patient plasma cfDNA. Results DNA from three different PDOs were collected and MNase digested. MNase concentration and digestion time were optimized for each sample to avoid over digestion. MNase digestion resulted in mononucleosomes at approximately 147 bp for all three samples, as well as large DNA segments between 300 to 8000 bp. Right size selection resulted in isolation of 34 to 48 ng of the mononucleosome peak. These results indicate that MNase digestion was successful in generating nucleosomes of the desired size range and the selected nucleosomes were of high quality, as confirmed by the Bioanalyzer. Samples will be subjected to next-generation sequencing. Conclusion This study will determine nucleosome SNVs maps in circulating cell-free DNA from EAC patients to allow for generation of optimized targeted PCR panels, prediction of recurrence based on specific variants unique to each patient, and development of more precise drug screening. These advantages have the potential to fill a void in early cancer detection and the prediction of cancer recurrence, leading to improved prognoses for individuals diagnosed with EAC.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».