High-quality genome assemblies for two Australimusa bananas (Musa spp.) and insights into regulatory mechanisms of superior fiber properties
Notice bibliographique
Résumé
Bananas (Musa spp.) are monocotyledonous plants with high genetic diversity in the Musaceae family that are cultivated mainly in tropical and subtropical countries. The fruits are a popular food, and the plants themselves have diverse uses. Four genetic groups (genomes) are thought to have contributed to current banana cultivars: Musa acuminata (A genome), Musa balbisiana (B genome), Musa schizocarpa (S genome), and species of the Australimusa section (T genome). However, the T genome has not been effectively explored. Here, we present the high-quality TT genomes of two representative accessions, Abaca (Musa textilis), with high-quality natural fiber, and Utafun (Musa troglodytarum, Fe'i group), with abundant β-carotene. Both the Abaca and Utafun assemblies comprise 10 pseudochromosomes, and their total genome sizes are 613 Mb and 619 Mb, respectively. Comparative genome analysis revealed that the larger size of the T genome is likely attributable to rapid expansion and slow removal of transposons. Compared with those of Musa AA or BB accessions or sisal (Agava sisalana), Abaca fibers exhibit superior mechanical properties, mainly because of their thicker cell walls with a higher content of cellulose, lignin, and hemicellulose. Expression of MusaCesA cellulose synthesis genes peaks earlier in Abaca than in AA or BB accessions during plant development, potentially leading to earlier cellulose accumulation during secondary cell wall formation. The Abaca-specific expressed gene MusaMYB26, which is directly regulated by MusaMYB61, may be an important regulator that promotes precocious expression of secondary cell wall MusaCesAs. Furthermore, MusaWRKY2 and MusaNAC68, which appear to be involved in regulating expression of MusaLAC and MusaCAD, may at least partially explain the high accumulation of lignin in Abaca. This work contributes to a better understanding of banana domestication and the diverse genetic resources in the Musaceae family, thus providing resources for Musa genetic improvement.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».