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Enregistrement W4386398862 · doi:10.1016/j.isci.2023.107813

A myeloid program associated with COVID-19 severity is decreased by therapeutic blockade of IL-6 signaling

2023· article· en· W4386398862 sur OpenAlexaff
Jason A. Hackney, Haridha Shivram, Jason A. Vander Heiden, Christopher C. Overall, Luz D. Orozco, Xia Gao, Eugene S. Kim, Nathaniel R. West, Aditi Qamra, Diana Chang, Arindam Chakrabarti, David F. Choy, Alexis J. Combes, Tristan Courau, Gabriela K. Fragiadakis, Arjun A. Rao, Arja Ray, Jessica Tsui, Kenneth H. Hu, Nicholas F. Kuhn, Matthew F. Krummel, David J. Erle, Kirsten N. Kangelaris, Aartik Sarma, Zoe M. Lyon, Carolyn S. Calfee, Prescott G. Woodruff, Rajani Ghale, Eran Mick, Ashley Byrne, Beth Shoshana Zha, Charles Langelier, Carolyn M. Hendrickson, Monique G.P. van der Wijst, George C. Hartoularos, Tianna Grant, Raymund Bueno, David Lee, John R. Greenland, Yang Sun, Richard K. Perez, Anton Ogorodnikov, Alyssa Ward, Chun Ye, Yumiko Abe‐Jones, Michael Adkisson, K. Mark Ansel, Saurabh Asthana, Alexander J. Beagle, Sharvari Bhide, Cathy Cai, Saharai Caldera, Sidney Carrillo, Suzanna Chak, Stephanie A. Christenson, Zachary Collins, Spyros Darmanis, Angela M. Detweiler, Catherine DeVoe, Walter L. Eckalbar, Jeremy Giberson, Ana Gonzalez, Gracie Gordon, Paula Hayakawa Serpa, Alejandra Jáuregui, Chayse Jones, Serena Ke, Divya Kushnoor, Tasha Lea, Deanna Lee, Aleksandra Leligdowicz, Yale Liu, Salman Mahboob, Lenka Maliskova, Michael A. Matthay, Elizabeth W. McCarthy, Priscila Muñoz-Sandoval, Norma Neff, Nguyễn Hoàng Việt, Nishita Nigam, Randy Parada, Maíra Phelps, Logan Pierce, Priya A. Prasad, Sadeed Rashid, Gabriella C. Reeder, Nicklaus Rodriguez, Bushra Samad, Andrew Schroeder, Cole Shaw, Alan Shen, Austin Sigman, Pratik Sinha, Matthew H. Spitzer, Sara Sunshine, Kevin Tang, Luz Torres Altamirano, Alexandra Tsitsiklis, Erden Tumurbaatar, Vaibhav Upadhyay, Alexander Whatley, Andrew Willmore, Michael R. Wilson, Juliane Winkler, Kristine Wong, Kimberly Yee, Michelle Yu, Mingyue Zhou, Wandi Zhu, Thiru Ramalingam, Jacqueline McBride, Fang Cai, Anastasia Teterina, Min Bao, Larry Tsai, Iván O. Rosas, Aviv Regev, Sharookh B. Kapadia, Rebecca N. Bauer, Carrie M. Rosenberger

Notice bibliographique

RevueiScience · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueImmune cells in cancer
Établissements canadiensRoche (Canada)
Organismes subventionnairesNational Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin DiseasesNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesNational Heart, Lung, and Blood InstituteNederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk OnderzoekNational Human Genome Research InstituteBiomedical Advanced Research and Development AuthorityParker Institute for Cancer ImmunotherapyNational Cancer InstituteDivision of Undergraduate EducationU.S. Department of Health and Human ServicesNational Institutes of HealthNational Science Foundation
Mots-clésBlockadeCoronavirus disease 2019 (COVID-19)2019-20 coronavirus outbreakSevere acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)Myeloid cellsMedicinePandemicImmunologyMyeloidVirologyInternal medicineReceptor

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Altered myeloid inflammation and lymphopenia are hallmarks of severe infections. We identified the upregulated EN-RAGE gene program in airway and blood myeloid cells from patients with acute lung injury from SARS-CoV-2 or other causes across 7 cohorts. This program was associated with greater clinical severity and predicted future mechanical ventilation and death. EN-RAGE hi myeloid cells express features consistent with suppressor cell functionality, including low HLA-DR and high PD-L1. Sustained EN-RAGE program expression in airway and blood myeloid cells correlated with clinical severity and increasing expression of T cell dysfunction markers. IL-6 upregulated many EN-RAGE program genes in monocytes in vitro. IL-6 signaling blockade by tocilizumab in a placebo-controlled clinical trial led to rapid normalization of EN-RAGE and T cell gene expression. This identifies IL-6 as a key driver of myeloid dysregulation associated with worse clinical outcomes in COVID-19 patients and provides insights into shared pathophysiological mechanisms in non-COVID-19 ARDS.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,024
Tête enseignante GPT0,291
Écart entre enseignants0,267 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations11
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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