Key Amino Acid Residues Involved in Binding Interactions between Bactrocera minax Odorant-Binding Protein 3 (BminOBP3) and Undecanol
Notice bibliographique
Résumé
Insect odorant-binding proteins (OBPs) are significant in binding and transporting odorants to specific receptors. Our previous study demonstrated that BminOBP3 exhibited a strong affinity with undecanol. However, the binding mechanism between them remains unknown. Here, using homology modeling and molecular docking, we found that the C-terminus (I116-P122), especially the hydrogenbonds formed by the last three amino acid residues (V120, F121, and P122) of the C-terminus, is essential for BminOBP3′s ligand binding. Mutant binding assays showed that the mutant T-OBP3 that lacks C-terminus (I116-P122) displayed a significant decrease in affinity to undecanol (Ki = 19.57 ± 0.45) compared with that of the wild-type protein BminOBP3 (Ki = 11.59 ± 0.51). In the mutant 3D2a that lacks F121 and P122 and the mutant V120A in which V120 was replaced by alanine, the bindings to undecanol were completely abolished. In conclusion, the C-terminus plays a crucial role in the binding interactions between BminOBP3 and undecanol. Based on the results, we discussed the ligand-binding process of BminOBP3.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».