Genetic diversity of Salmonella enterica isolated over 13 years from raw California almonds and from an almond orchard
Notice bibliographique
Résumé
A comparative genomic analysis was conducted for 171 Salmonella isolates recovered from raw inshell almonds and raw almond kernels between 2001 and 2013 and for 30 Salmonella Enteritidis phage type (PT) 30 isolates recovered between 2001 and 2006 from a 2001 salmonellosis outbreak-associated almond orchard. Whole genome sequencing was used to measure the genetic distance among isolates by single nucleotide polymorphism (SNP) analyses and to predict the presence of plasmid DNA and of antimicrobial resistance (AMR) and virulence genes. Isolates were classified by serovars with Parsnp, a fast core-genome multi aligner, before being analyzed with the CFSAN SNP Pipeline (U.S. Food and Drug Administration Center for Food Safety and Applied Nutrition). Genetically similar (≤18 SNPs) Salmonella isolates were identified among several serovars isolated years apart. Almond isolates of Salmonella Montevideo (2001 to 2013) and Salmonella Newport (2003 to 2010) differed by ≤9 SNPs. Salmonella Enteritidis PT 30 isolated between 2001 and 2013 from survey, orchard, outbreak, and clinical samples differed by ≤18 SNPs. One to seven plasmids were found in 106 (62%) of the Salmonella isolates. Of the 27 plasmid families that were identified, IncFII and IncFIB plasmids were the most predominant. AMR genes were identified in 16 (9%) of the survey isolates and were plasmid encoded in 11 of 16 cases; 12 isolates (7%) had putative resistance to at least one antibiotic in three or more drug classes. A total of 303 virulence genes were detected among the assembled genomes; a plasmid that harbored a combination of pef, rck, and spv virulence genes was identified in 23% of the isolates. These data provide evidence of long-term survival (years) of Salmonella in agricultural environments.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».