PL02.2.A RAPID, COMPREHENSIVE REPORTING OF MOLECULAR DIAGNOSTICS WITH RAPID-CNS2: A PROSPECTIVE VALIDATION COHORT
Notice bibliographique
Résumé
Abstract BACKGROUND The WHO classification of CNS tumours 2021 recommends reporting a wide range of molecular alterations for WHO-compatible diagnoses. Conventional molecular diagnostic workflows warrant considerable investment and long turnaround times limited by batching. Nanopore sequencing enables long read sequencing, real-time targeting and simultaneous base modification detection with compact devices. Rapid-CNS2- a rapid, comprehensive adaptive sampling based sequencing pipeline with a turnaround time of 5 days for CNS tumours was previously described. This study presents an optimised Rapid-CNS2 pipeline and prospective validation cohort that successfully reports hard-to-detect variants. MATERIAL AND METHODS We performed targeted adaptive sampling-based sequencing on 156 samples comprising a mix of archival and current diagnostic cases from the Department of Neuropathology, University Hospital Heidelberg. We tested variable conditions including minimum DNA input, target size, flowcell reuse and sequencing times. An analysis pipeline for detection of single nucleotide variants (SNV), indels, copy number alterations (CNA), fusions, complex structural variants (SV), target gene methylation and methylation classification incorporating multi-GPU optimization was deployed. Results were compared to NGS panel sequencing and EPIC array analyses. RESULTS Integrated diagnoses for all cases were in accordance with those issued using molecular alterations reported by conventional analyses. Rapid-CNS2 showed improved resolution over NGS panel sequencing for CNAs. Complete concordance was achieved for MGMT promoter methylation status and methylation classification. High accuracy was obtained for detection of SNV/Indels. Long reads spanning the breakpoint identified clinically relevant fusions. Subclonal SVs including EGFR vIII missed by NGS panel sequencing were detected with high confidence. The optimized workflow shortened the turnaround time to 30 hours from sample receipt to report and minimum input DNA required was reduced to 500ng. Due to the versatility of adaptive sampling, the analyses can readily be limited to a smaller set of targets or methylation and CNAs only, further reducing the turnaround time. CONCLUSION We present a thorough validation and prospective clinical application of Rapid-CNS2 with cases spanning a range of brain tumours and metastases. The improved custom neurooncology adaptive sampling-based sequencing pipeline enables simultaneous copy-number, mutational, structural variant and methylation analysis with flexible target selection, no additional library preparation, competitive costs and next-day reporting of RESULTS
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».