Insights from multi-omics integration into seed germination of Taxus chinensis var mairei
Notice bibliographique
Résumé
The transition from deep dormancy to seed germination is essential for the life cycle of plants, but how this process occurs in the gymnosperm Chinese yew (Taxus chinensis var mairei), the natural source of the anticancer drug paclitaxel, remains unclear. Herein, we analyse the transcriptome, proteome, spatial metabolome, and spatial lipidome of the Chinese yew and present the multi-omics profiles of dormant and germinating seeds. Our results show that abscisic acid and gibberellic acid 12 homoeostasis is closely associated with gene transcription and protein translation, and the balance between these phytohormones thereby determines if seeds remain dormant or germinate. We find that an energy supply of carbohydrates from glycolysis and the TCA cycle feed into the pentose phosphate pathway during seed germination, and energy supplied from lipids are mainly derived from the lipolysis of triacylglycerols. Using mass spectrometry imaging, we demonstrate that the spatial distribution of plant hormones and phospholipids has a remarkable influence on embryo development. We also provide an atlas of the spatial distribution of paclitaxel C in Chinese yew seeds for the first time. The data from this study enable exploration of the germination mechanism of Chinese yew seeds across several omics levels.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».