Cross-Recognition of the ssgBp Promoter, Which Controls the Expression of the Sporulation–Specific Cell Division Gene ssgB, by Nine SigB Homologues in Streptomyces coelicolor A3(2)
Notice bibliographique
Résumé
In their natural environment, bacteria are exposed to various stresses. The stress-response sigma factor SigB of gram-positive Bacillus subtilis is the best-characterized example. Unlike Bacillus subtilis, the gram-positive bacterium Streptomyces coelicolor A3(2) contains nine SigB homologues (SigBFGHIKLMN) with a major role in differentiation and response to osmotic stress. We previously constructed a two-plasmid system to identify promoters recognized by these sigma factors. Interestingly, almost all identified promoters were recognized by two or more SigB homologues. However, no specific sequences characteristic for these recognition groups were found. To examine this cross-recognition in vivo in S. coelicolor A3 (2), one of these promoters was cho-sen, which drives the expression of the sporulation-specific gene ssgB. The ssgBp promoter was inserted into a luciferase reporter plasmid and conjugated to S. coelicolor M145 and nine mutant strains containing deleted individual sigB homologous genes. Luciferase reporter activity indi-cated differential activity of this promoter in these mutant strains, suggesting overlapping pro-moter recognition by these SigB homologues. To determine which nucleotides in the ̶ 10 re-gion are responsible for the selection of a specific SigB homologue, several mutant promoters with altered last three nucleotides in this region were prepared and tested in the two-plasmid system. Some mutant promoters were specifically recognized by some SigB homologues. Mutant promoters were inserted into a luciferase reporter plasmid and conjugated to S. coelicolor A3(2) and these nine mutant strains. Luciferase reporter activity indicated differential activity of these ssgBp mutant promoters, indicating overlapping promoter recognition by these SigB homologues in S. coelicolor A3(2).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».