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Enregistrement W4386639869 · doi:10.26434/chemrxiv-2023-kzgfb

Spy1-activated Cyclin Dependent Kinase 2 Shows Reduced Affinity for Current Synthetic Small Molecule Inhibitors of the CDK2-Cyclin Complex

2023· preprint· en· W4386639869 sur OpenAlexafffund
Daniel Meister, John J. Hayward, Bre‐Anne Fifield, Lisa A. Porter, John F. Trant

Notice bibliographique

RevueChemRxiv · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueAdvanced Breast Cancer Therapies
Établissements canadiensUniversity of Windsor
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCanadian Institutes of Health ResearchAlliance de recherche numérique du CanadaOntario Institute for Cancer Research
Mots-clésCyclin-dependent kinaseCyclin-dependent kinase 2CyclinSmall moleculeBiologyKinaseCyclin ACDK inhibitorCancer researchCell cycleCell biologyProtein kinase ABiochemistryCell

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Cyclin-dependent kinases (CDKs) play a key role in activating essential cell biology processes including cellular proliferation. Inappropriate regulation of CDKs has been implicated in driving several different forms of cancer. One of the regulatory factors is the need to bind to Cyclin-partners before they can be activated and advance the cell cycle. Cyclins are overexpressed in several different cancers, hence activating their relevant CDK. Hyperactive CDK2 in particular is implicated in many cancers, and while many drugs have shown preclinical promise, none have successfully passed through clinical development. Among the complications of targeting CDK2 is the fact that non-classical cyclin partners from the Speedy/RINGO family of proteins can alter the conformation of the kinase. Using computational approaches, we provide data supporting that the active site of CDK2 differs when bound to Spy1 as compared to classical cyclins. Furthermore, combining computational models with experimental techniques we provide data that many small molecule inhibitors have reduced activity against Spy1-bound CDKs. This work supports the need to develop new inhibitors capable of inhibiting the Spy1-CDK2 complex, and suggests that computational tools can be beneficial toward accomplishing this goal.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,026
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,099
Tête enseignante GPT0,339
Écart entre enseignants0,239 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations3
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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