Clonal diversity of Streptococcus pneumoniae serotype 19A collected from children < 5 years old in Québec, Canada, 2016–2021
Notice bibliographique
Résumé
Streptococcus pneumoniae serotype 19A is a highly diverse, often antimicrobial-resistant Gram-positive bacterium which can cause invasive pneumococcal disease (IPD). In 2021, public health authorities in the Canadian province of Québec observed an increase of serotype 19A IPD in children <5 years. The purpose of this study was to determine the clonal composition of serotype 19A isolates collected from this age group in Québec, from 2016 to 2021. Forty-one and 37 IPD isolates from children <5 years from Québec and the remainder of Canada, respectively, were sequenced using the Illumina NextSeq platform. Phylogenetic analysis using SNVPhyl identified three clusters, corresponding to three common clones of serotype 19A: CC199, CC320 and ST695. CC199, predominantly represented by ST416, accounted for similar proportions of serotype 19A isolates collected from children in Québec (19.5 %) and other Canadian jurisdictions (OCJs, 21.6 %), with significant presence of ermB (62.5 % and 60 % of ST416 isolates, respectively). CC320 was more commonly identified from OCJs in comparison to Québec (18.9 % vs. 7.3 %, respectively), but were highly antimicrobial-resistant regardless of region. ST695 was the most common clone of serotype 19A collected in Québec from children <5 years, representing 65.9 % of isolates collected over the study period (40.5 % of isolates collected in OCJs). Phylogenetic analysis identified geographical differences in ST695 across Canada; including a large clade specific to Québec (with both susceptible and macrolide-resistant [ermB] subclades), and a separate macrolide-resistant (mefA) clade associated with OCJs. The Québec-specific ermB-ST695 clone represented 48.1 % of ST695 collected from the province. Continued genomic surveillance of S. pneumoniae serotype 19A is required to: i) track the prevalence and clonal composition of serotype 19A in Québec in future years; ii) characterize the clonal distribution of serotype 19A in adult populations; and iii) monitor whether the currently geographically restricted ermB-ST695 clone observed in Québec expands to OCJs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».