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Enregistrement W4387008461 · doi:10.1101/2023.09.24.23295485

Common and Rare Variant Contributions to Bradyarrhythmias from Multi-Ancestry Meta-Analyses

2023· preprint· en· W4387008461 sur OpenAlexaff
Lu‐Chen Weng, Joel Rämö, Sean J. Jurgens, Shaan Khurshid, Mark Chaffin, Amelia Weber Hall, Valerie N. Morrill, Victor Nauffal, Yan V. Sun, Dominik Beer, Simon Lee, Girish N. Nadkarni, ThuyVy Duong, Biqi Wang, Tomasz Czuba, Thomas R. Austin, Zachary T. Yoneda, Daniel J. Friedman, Anne Clayton, Matthew C. Hyman, Renae Judy, Allan C. Skanes, Kate M. Orland, Timothy Treu, Matthew T. Oetjens, Álvaro Alonso, Elsayed Z. Soliman, Honghuang Lin, Kathryn L. Lunetta, Jesper van der Pals, Tariq Z. Issa, Navid A. Nafissi, Heidi T. May, Peter Leong‐Sit, Carolina Roselli, Seung Hoan Choi, Habib Khan, Stacey Knight, Richard Karlsson Linnér, Connie R. Bezzina, Samuli Ripatti, J. Michael Gaziano, Ruth J. F. Loos, Bruce M. Psaty, J. G. Smith, Emelia J. Benjamin, Dan E. Arking, Daniel J. Rader, Svati H. Shah, Dan M. Roden, Scott M. Damrauer, Lee L. Eckhardt, Jason D. Roberts, Michael J. Cutler, M. Benjamin Shoemaker, Christopher M. Haggerty, Kelly Cho, Aarno Palotie, Peter W.F. Wilson, Patrick T. Ellinor, Steven A. Lubitz

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Associations and Epidemiology
Établissements canadiensWestern University
Organismes subventionnairesCommon FundNational Institute on Drug AbuseNational Human Genome Research InstituteNational Institute of Neurological Disorders and StrokeNational Institute of Mental HealthNIH Office of the DirectorNational Heart, Lung, and Blood InstituteNational Cancer InstituteNational Institutes of Health
Mots-clésGeneticsHeritabilityGenome-wide association studyBiologyLMNAExome sequencingExomeSick sinus syndromeCandidate geneMissing heritability problemInternal medicineBioinformaticsGenotypeMedicineGenePhenotypeGenetic variantsSingle-nucleotide polymorphism

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT To broaden our understanding of bradyarrhythmias and diseases of the cardiac conduction system, we performed cross-sectional multi-ancestry genome-wide association study meta-analyses in up to 1.3 million individuals for sinus node dysfunction (SND), distal conduction disease (DCD), and pacemaker implantation (PM). We evaluated the biological relevance of bradyarrhythmia loci by analyses of transcriptomes, pleiotropy, and partitioned heritability based on cardiac single cell RNA sequencing data. Finally, we performed rare variant burden testing in 460,000 whole exome sequenced individuals from two biobanks. We identified 13, 28, and 21 common variant loci for SND, DCD, and PM, respectively. Four well-known common variant arrhythmia loci ( SCN5A/SCN10A , CCDC141, TBX20 , and CAMK2D) were shared for SND and DCD, while other loci were more specific for either SND or DCD. Cardiomyocyte-expressed genes were strongly enriched for contributions to DCD heritability, while SND and PM were more heterogeneous. Rare variant analyses implicated LMNA for all bradyarrhythmia subtypes; SMAD6 and SCN5A for DCD; and TTN , MYBPC3 , and SCN5A for PM. The genetic architectures of SND and DCD are both overlapping and distinct. Multiple genetic mechanisms involving ion channels, sarcomeric components, cellular homeostasis, and cardiac development may influence the development of bradyarrhythmias.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,015
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,021
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Méta-analyse · Signal consensuel: Méta-analyse
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,015
Score d'incertitude au seuil0,077

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0150,021
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0040,022
Bibliométrie0,0030,005
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0030,001
Science ouverte0,0020,002
Intégrité de la recherche0,0020,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0040,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,169
Tête enseignante GPT0,406
Écart entre enseignants0,237 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeMéta-analyse
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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