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Enregistrement W4387141906 · doi:10.3389/fsybi.2023.1255472

Synthetic biology encompasses metagenomics, ecosystems, and biodiversity sustainability within its scope

2023· article· en· W4387141906 sur OpenAlexafffund
David B. Levin, Nediljko Budiša

Notice bibliographique

RevueFrontiers in Synthetic Biology · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGene Regulatory Network Analysis
Établissements canadiensUniversity of Manitoba
Organismes subventionnairesNational Academy of Agricultural SciencesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCanada Research Chairs
Mots-clésMetagenomicsSustainabilityBiodiversityBiosphereSynthetic biologyScope (computer science)EcosystemEcologyEnvironmental resource managementBiologyComputer scienceComputational biologyEnvironmental science

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

We envision the convergence of synthetic biology (SynBio) and metagenomics as a significant development for the engineering of complex biological systems. The entire biosphere with its diverse life forms can also be considered as a reservoir for evolutionary innovations and a source of modules for SynBio. Metagenomics, which is a large part of biodiversity, should be considered as an important source of modules. The abstraction hierarchy of amalgamating SynBio and metagenomics (“synthetic metagenomics”) entails the standardized integration of parts, devices, circuits, and modules into functional chassis. These principles transcend the boundaries of single cell design and apply to the engineering of biodiversity sustainability in multicellular entities, their interconnections, and their dynamics in communities and whole ecosystems. Examples include applications in environmental sustainability, such as analysis of antimicrobial resistance in waste management, bioremediation of oil spills, and degradation of plastics. Future research and experimental interventions will ultimately provide a strong link between bioengineering, metagenomics, microbial consortia, ecosystems, and biodiversity sustainability under the umbrella of synthetic biology.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,006
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,003
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Théorique ou conceptuel · Signal consensuel: Théorique ou conceptuel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,006
Score d'incertitude au seuil0,032

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0060,003
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0020,001
Études des sciences et des technologies0,0010,014
Communication savante0,0040,007
Science ouverte0,0010,005
Intégrité de la recherche0,0020,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,238
Écart entre enseignants0,228 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeThéorique ou conceptuel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations10
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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