Electrostatic-Mediated Binding of DNA to Lysozymes: Evaluation of Aptamer-Based Assays for Highly Positively Charged Targets
Notice bibliographique
Résumé
Lysozymes are a highly popular protein target for the development of aptamer-based biosensors. Because a lysozyme is a polycation and DNA is a polyanion, it is essential to separate the contribution of nonspecific electrostatic interactions from specific aptamer binding. In this study, various factors affecting the binding of DNA and lysozymes, including the DNA sequence, DNA length, pH, and salt concentration, were explored using fluorescence polarization. We concluded that direct fluorescence polarization and fluorescence intensity changes are unlikely to be directly applicable for aptamer-based biosensors to detect lysozymes because all of the tested DNA sequences showed binding. These fundamental studies confirm the dominant role of electrostatic binding. We further evaluated three other methods, including label-free fluorescent detection using a DNA staining dye, label-free colorimetric detection using gold nanoparticles, and a fluorescent sensor based on the strand displacement reaction. In each case, we focused on a random DNA sequence that is not expected to bind to the lysozyme as an aptamer. Of all the methods, only the strand displacement strategy can be potentially used to evaluate aptamer binding, as the other methods all responded to nonaptamer sequences. This study provides valuable insights for assaying aptamer binding to cationic proteins that can exhibit a nonspecific attraction to DNA.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».