THU206 Constitutional Delay Of Puberty And Idiopathic Hypogonadotropic Hypogonadism: Differential Contributions Of Common Genetic Variants
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Disclosure: M.F. Lippincott: None. E. Schafer: None. A.A. Hindman: None. R. Brauner: None. A. Delaney: None. K. McElreavey: None. J.E. Hall: None. J.N. Hirschhorn: None. M.R. Palmert: None. S.B. Seminara: None. R.M. Salem: None. Y. Chan: None. Introduction: Disorders of pubertal timing include self-limited constitutional delay of puberty (CDP) and longer lasting idiopathic hypogonadotropic hypogonadism (IHH). Both conditions have strong genetic influences. We sought to determine if common genetic variants that influence pubertal timing contribute to CDP and IHH. Hypothesis: IHH and CDP can sometimes be caused by the accumulation of common genetic variants that delay pubertal onset. Therefore, compared to controls, patients with CDP and IHH have higher polygenic risk scores (PRS) based on genome-wide association studies (GWAS) for pubertal timing. Methods: All research and data-sharing were conducted with participant/guardian consent and institutional ethical approval. We defined CDP as puberty starting between 12 and 18 y in girls and between 13.5 and 18 y in boys and IHH as low sex steroids and non-elevated gonadotropins at ≥18 y, both with no cause identified on standard clinical evaluation. We genotyped CDP cases (n=106) on the Illumina Infinium OmniExpress Exome 8-1v6 platform and retrieved array-matched control data from dbGaP (n=9,222). IHH cases (n=713) and controls from the Schizophrenia Psychiatric GWAS (n=1,868) were genotyped on the Infinium PsychArray. After data harmonization, quality control, and principal components analysis were performed on combined sets, genotype imputation was performed on all unrelated individuals of European ancestry using the Michigan Imputation Server. We downloaded summary statistics for: 1) GWAS meta-analysis for age at menarche (AAM), 2) multi-trait GWAS for male pubertal hallmarks, and 3) a negative control using GWAS for basal cell carcinoma (BCC). We calculated and compared PRS between cases and controls using PRS-CS and PRSice2, with the first 10 ancestral principal components and sex as covariates. We also performed sex-stratified analyses. Results: Both the CDP and the IHH cohorts had significantly higher PRS for male pubertal hallmarks compared to controls, but the difference was smaller for IHH (CDP Cohen’s d=0.59, p=2×10-10; IHH d=0.13, p=0.007). The CDP cohort also had a significantly higher PRS for AAM compared to controls (d=0.83, p=8×10-20), but the IHH cohort did not (d=0.08, p=0.06). Of note, sex-specific PRS provided greater discrimination between CDP cases and controls in stratified analyses of the corresponding sex (AAM in females: d=1.1, p=4×10-11; AAM in males d=0.72, p=8×10-11; male hallmarks in females: d=0.52, p=0.001; male hallmarks in males: d=0.63, p=2×10-8). No significant differences were observed between cases and controls for BCC PRS. Conclusions: Common genetic variants that influence pubertal timing in the general population contribute strongly to the genetics of CDP, with some sex-specificity, but only weakly to IHH. These findings support the hypothesis that the common-variant genetics of CDP and IHH are largely distinct. Presentation: Thursday, June 15, 2023
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,009 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».