Long-read sequencing of oropharyngeal squamous cell carcinoma tumors reveal diverse patterns of high-risk Human Papillomavirus integration
Notice bibliographique
Résumé
Introduction: In North America and in most European countries, Human Papillomavirus (HPV) is responsible for over 70% of oropharyngeal squamous cell carcinomas. The burden of OPSCC, in high-income countries, has been steadily increasing over the past 20 years. As a result, in the USA and in the UK, the burden of HPV-related oropharyngeal squamous cell carcinoma in men has now surpassed that of cervical cancer in women. However, the oncogenic impact of high-risk HPV integration in oropharyngeal squamous cell carcinomas hasn't been extensively studied. The present study aimed to explore the patterns of HPV integration in oropharyngeal squamous cell carcinomas and to assess the feasibility and reliability of long-read sequencing technology in detecting viral integration events in oropharyngeal head and neck cancers. Methods: positive OPSCC diagnosis and were treated at the McGill University Health Centre, a quaternary center in Montreal. A minimum of 20mg of tumor tissue was used for DNA extraction. Extracted DNA was subjected to Nanopore long-read sequencing to detect and analyze for the presence of high-risk HPV sequences. PCR and Sanger sequencing experiments were performed to confirm Nanopore long-read sequencing readings. Results: Nanopore long-read sequencing showed that seven out of eight patient samples displayed either integrated or episomal high-risk HPV sequences. Out of these seven samples, four displayed verifiable integration events upon bioinformatic analysis. Integration confirmation experiments were designed for all four samples using PCR-based methods. Sanger sequencing was also performed. Four distinct HPV integration patterns were identified: concatemer chromosomal integration in a single chromosome, bi-chromosomal concatemer integration, single chromosome complete integration and bi-chromosomal complete integration. HPV concatemer integration also proved more common than full HPV integration events. Conclusion and relevance: Long-read sequencing technologies can be effectively used to assess HPV integration patterns in OPSCC tumors. Clinically, more research should be conducted on the prognostication value of high-risk HPV integration in OPSCC tumors using long-read sequencing technology.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».