Report of epidemic Pseudomonas aeruginosa AUST-03 (ST 242) strains and resistomes in South African cystic fibrosis patients
Notice bibliographique
Résumé
Introduction: Pseudomonas aeruginosa AUST-03 (ST242) has been reported to cause epidemics in cystic fibrosis (CF) patients from Tasmania and Australia and has been associated with multidrug resistance and increased morbidity and mortality. Here, we report epidemic P. aeruginosa (AUST-03) strains in South African CF patients at a public academic hospital detected during a previous study and characterise the resistomes. Methods: The P. aeruginosa AUST-03 (ST242) strains were analysed with whole genome sequencing using the Illumina NextSeq2000 platform. Raw sequencing reads were processed using the Jekesa pipeline and multi-locus sequence typing and resistome characterisation was performed using public databases. Core single nucleotide polymorphism phylogenies were performed on P. aeruginosa ST242 strains from the study and from public databases. Antibiotic susceptibility testing was performed using the disk diffusion and broth microdilution techniques. Results: A total of 11 P. aeruginosa AUST-03 strains were isolated from two children with CF who had pulmonary exacerbations. The majority of the P. aeruginosa AUST-03 strains (8/11) were multidrug resistant (MDR) or extensively drug resistant; and the multidrug efflux pumps MexAB-OprM, MexCD-OprJ, MexEF-OprN, MexXY-OprM were the most clinically relevant antibiotic resistance determinants and were detected in all of the strains. The P. aeruginosa AUST-03 (ST242) study strains were most closely related to strains from Canada, China, Denmark and Slovenia. Conclusion: Epidemic MDR P. aeruginosa strains are present at South African public CF clinics and need to be considered when implementing patient segregation and infection control strategies to prevent further spread and outbreaks.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».