Genome-wide allele frequency studies in Pacific oyster families identify candidate genes for tolerance to ostreid herpesvirus 1 (OsHV-1)
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Host genetics influences the development of infectious diseases in many agricultural animal species. Identifying genes associated with disease development has the potential to make selective breeding for disease tolerance more likely to succeed through the selection of different genes in diverse signaling pathways. In this study, four families of Pacific oysters (Crassostrea gigas) were identified to be segregating for a quantitative trait locus (QTL) on chromosome 8. This QTL was previously found to be associated with basal antiviral gene expression and survival to ostreid herpesvirus 1 (OsHV-1) mortality events in Tomales Bay, California. Individuals from these four families were phenotyped and genotyped in an attempt to find candidate genes associated with the QTL on chromosome 8. RESULTS: Genome-wide allele frequencies of oysters from each family prior to being planting in Tomales Bay were compared with the allele frequencies of oysters from respective families that survived an OsHV-1 mortality event. Six significant unique QTL were identified in two families in these genome-wide allele frequency studies, all of which were located on chromosome 8. Three QTL were assigned to candidate genes (ABCA1, PIK3R1, and WBP2) that have been previously associated with antiviral innate immunity in vertebrates. CONCLUSION: The identification of vertebrate antiviral innate immunity genes as candidate genes involved in molluscan antiviral innate immunity reinforces the similarities between the innate immune systems of these two groups. Causal variant identification in these candidate genes will enable future functional studies of these genes in an effort to better understand their antiviral modes of action.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».