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Enregistrement W4387957886 · doi:10.1101/2023.10.25.563974

<i>Streptococcus pyogenes</i> Cas9 ribonucleoprotein delivery for efficient, rapid and marker-free gene editing in <i>Trypanosoma</i> and <i>Leishmania</i>

2023· preprint· en· W4387957886 sur OpenAlexafffund
Asencio Corinne, Hervé Perrine, Morand Pauline, Oliveres Quentin, Morel Chloé Alexandra, Prouzet-Mauleon Valérie, Marc Biran, Monic Sarah, Mélanie Bonhivers, Derrick R. Robinson, Marc Ouellette, Loïc Rivière, Frédéric Bringaud, Tetaud Emmanuel

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueTrypanosoma species research and implications
Établissements canadiensUniversité Laval
Organismes subventionnairesCHIST-ERACanadian Institutes of Health ResearchUniversité de BordeauxFondation pour la Recherche MédicaleInstitut National de la Santé et de la Recherche MédicaleAgence Nationale de la RechercheCentre National de la Recherche ScientifiqueAlliance Française contre les Maladies Parasitaires
Mots-clésBiologyCas9Trypanosoma bruceiCRISPRTrypanosoma cruziGenome editingLeishmaniaPlasmidGeneVirologyGenomeStreptococcus pyogenesLeishmania majorGuide RNATrypanosomaGeneticsComputational biologyParasite hostingBacteria

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

SUMMARY Kinetoplastids are unicellular eukaryotic flagellated parasites found in a wide range of hosts within the animal and plant kingdoms. They are known to be responsible in humans for African sleeping sickness ( Trypanosoma brucei ), Chagas disease ( Trypanosoma cruzi ), and various forms of leishmaniasis ( Leishmania spp.), as well as several animal diseases with important economic impact (African trypanosomes, including T. congolense ). Understanding the biology of these parasites necessarily implies the ability to manipulate their genomes. In this study, we demonstrate that transfection of a ribonucleoprotein complex, composed of recombinant Streptococcus pyogenes Cas9 ( Sp Cas9) and an in vitro -synthesized guide RNA, results in rapid and efficient genetic modifications of trypanosomatids, in marker-free conditions. This approach was successfully developed to inactivate, delete and mutate candidate genes in various stages of the life cycle of T. brucei and T. congolense , and Leishmania promastigotes. The functionality of Sp Cas9 in these parasites now provides, to the research community working on these parasites, a rapid and efficient method of genome editing, without requiring plasmid construction and selection by antibiotics. Importantly, this approach is adaptable to any wild-type parasite, including field isolates.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,022
Tête enseignante GPT0,247
Écart entre enseignants0,225 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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