Long-Read–Based Genome Assembly Reveals Numerous Endogenous Viral Elements in the Green Algal Bacterivore <i>Cymbomonas tetramitiformis</i>
Notice bibliographique
Résumé
The marine tetraflagellate Cymbomonas tetramitiformis has drawn attention as an early diverging green alga that uses a phago-mixotrophic mode of nutrition (i.e., the ability to derive nourishment from both photosynthesis and bacterial prey). The Cymbomonas nuclear genome was sequenced previously, but due to the exclusive use of short-read (Illumina) data, the assembly suffered from missing a large proportion of the genome's repeat regions. For this study, we generated Oxford Nanopore long-read and additional short-read Illumina data and performed a hybrid assembly that significantly improved the total assembly size and contiguity. Numerous endogenous viral elements were identified in the repeat regions of the new assembly. These include the complete genome of a giant Algavirales virus along with many genomes of integrated Polinton-like viruses (PLVs) from two groups: Gezel-like PLVs and a novel group of prasinophyte-specific PLVs. The integrated ∼400 kb genome of the giant Algavirales virus is the first account of the association of the uncultured viral family AG_03 with green algae. The complete PLV genomes from C. tetramitiformis ranged between 15 and 25 kb in length and showed a diverse gene content. In addition, heliorhodopsin gene-containing repeat elements of putative mirusvirus origin were identified. These results illustrate past (and possibly ongoing) multiple alga-virus interactions that accompanied the genome evolution of C. tetramitiformis.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».