A multi-omics approach identifies that human antigen R (HuR) controls multiple cellular pathways in idiopathic pulmonary fibrosis (IPF) pathogenesis
Notice bibliographique
Résumé
Rationale: Idiopathic pulmonary fibrosis (IPF), a chronic and irreversible disease, is characterized by permanent scarring of the lung that results in respiratory failure. A key driver of this scarring is the accumulation of myofibroblasts, induced by transforming growth factor β (TGF-β) producing excessive amounts of extracellular matrix (ECM) proteins. Recently, we showed human antigen R (HuR) drives the differentiation of normal lung fibroblasts (NLFs) into myofibroblasts in response to TGF-β. We hypothesized, dysregulated function of HuR in IPF-LFs drives disease pathogenesis. Methods: NLFs and IPF-LFs were obtained from the University of Michigan Interstitial Lung Disease Biorepository. Fibroblasts were treated with TGF-β (5 ng/ml) following HuR knockdown with siRNA. Then, RNA-sequencing (RNA-Seq) as well as mass spectrometry (MS)-based proteomics were performed to comprehensively evaluate the changes in HuR-regulated RNA and proteins, respectively, under myofibroblast differentiating conditions. Results: RNA-Sequencing and proteomics analysis revealed that in both NLFs and IPF-LFs, HuR controlled numerous genes and proteins involved in pathways associated with ECM organization, and response to wounding pathways implicated in IPF. HuR controls the expression of proteins associated with IPF pathogenesis, including those involved in the ECM (COL1A1), cell survival (IFGBP2), and protein translation (EIF4) in response to TGF-β. Conclusion: This study provides novel information on the critical function of HuR in lung fibroblast differentiation establishing HuR as a driver of multiple pathways in IPF.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».