Proof of concept: Pull down assay using bovine serum albumin and an immunomodulator small molecule
Notice bibliographique
Résumé
In the past decade, there has been increasing interest in use of small molecules for immunomodulation. The affinity-based pull-down purification is an essential tool for target identification of small molecules and drug discovery. This study presents our recent efforts to investigate the cellular target(s) of Compound A, a small molecule with demonstrated immunomodulatory properties in human peripheral blood mononuclear cells (PBMCs). While we have previously observed the immunomodulatory activity of Compound A in PBMCs, the specific molecular targets underlying its effects remains elusive. To address this challenge, we synthesized a trifluoromethyl phenyl diazirine (TPD)-bearing trifunctional Probe 1 based on the chemical structure of Compound A, which could be used in a pull-down assay to efficiently bind to putative cellular targets via photoaffinity labelling. In this report, we utilized bovine serum albumin (BSA) as a model protein to establish a proof-of-concept in order to assess the suitability of Probe 1 for binding to an endogenous target. By the successful synthesis of Probe 1 and demonstrating the efficient binding of Probe 1 to BSA, we propose that this method can be used as a tool for further identification of potential protein targets of small molecules in living cells. Our findings provide a valuable starting point for further investigations into the molecular mechanisms underlying the immunomodulatory effects of Compound A.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».