Coordinated proteome change precedes cell lysis and death in a mat-forming cyanobacterium
Notice bibliographique
Résumé
Cyanobacteria form dense multicellular communities that experience transient conditions in terms of access to light and oxygen. These systems are productive but also undergo substantial biomass turnover through cell death, supplementing heightened heterotrophic respiration. Here we use metagenomics and metaproteomics to survey the molecular response of a mat-forming cyanobacterium undergoing mass cell lysis after exposure to dark and anoxic conditions. A lack of evidence for viral, bacterial, or eukaryotic antagonism contradicts commonly held beliefs on the causative agent for cyanobacterial death during dense growth. Instead, proteogenomics data indicated that lysis likely resulted from a genetically programmed response triggered by a failure to maintain osmotic pressure in the wake of severe energy limitation. Cyanobacterial DNA was rapidly degraded, yet cyanobacterial proteins remained abundant. A subset of proteins, including enzymes involved in amino acid metabolism, peptidases, toxin-antitoxin systems, and a potentially self-targeting CRISPR-Cas system, were upregulated upon lysis, indicating possible involvement in the programmed cell death response. We propose this natural form of cell death could provide new pathways for controlling harmful algal blooms and for sustainable bioproduct production.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».