MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W4388283999 · doi:10.1038/s42003-023-05454-1

Identification of circulating proteins associated with general cognitive function among middle-aged and older adults

2023· article· en· W4388283999 sur OpenAlexaff
Adrienne Tin, Alison E. Fohner, Qiong Yang, Jennifer A. Brody, Gail Davies, Jie Yao, Dan Liu, Ilana Caro, Joni V. Lindbohm, Michael R. Duggan, Osorio Meirelles, Sarah E. Harris, Valborg Guðmundsdóttir, Adele M. Taylor, Albert Henry, Alexa Beiser, Ali Shojaie, Annabell Coors, Annette L. Fitzpatrick, Claudia Langenberg, Claudia L. Satizábal, Colleen M. Sitlani, Eleanor Wheeler, Elliot M. Tucker–Drob, Jan Bressler, Josef Coresh, Joshua C. Bis, Julián Candia, Lori L. Jennings, Maik Pietzner, Mark Lathrop, Oscar L. López, Paul Redmond, Robert E. Gerszten, Stephen S. Rich, Susan R. Heckbert, Thomas R. Austin, Timothy M. Hughes, Toshiko Tanaka, Valur Emilsson, Ramachandran S. Vasan, Xiuqing Guo, Yineng Zhu, Christophe Tzourio, Jerome I. Rotter, Keenan A. Walker, Luigi Ferrucci, Mika Kivimäki, Monique M.B. Breteler, Simon R. Cox, Stéphanie Debette, Thomas H. Mosley, Vilmundur Guðnason, Lenore J. Launer, Bruce M. Psaty, Sudha Seshadri, Myriam Fornage

Notice bibliographique

RevueCommunications Biology · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMachine Learning in Bioinformatics
Établissements canadiensMcGill Genome Centre
Organismes subventionnairesNational Institute of Neurological Disorders and StrokeNational Institute on Deafness and Other Communication DisordersNational Human Genome Research InstituteNational Institute on Drug AbuseNational Heart, Lung, and Blood InstituteNational Institute on AgingBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilNational Center for Advancing Translational SciencesMedical Research CouncilHjartaverndAge UKUniversité de BordeauxFondation de FranceBundesministerium für Bildung und ForschungFondation pour la Recherche MédicaleInstitut National de la Santé et de la Recherche MédicaleDeutsches Zentrum für Neurodegenerative ErkrankungenDeutsche ForschungsgemeinschaftU.S. Department of Health and Human ServicesEconomic and Social Research CouncilNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesSanofiEuropean CommissionNational Center for Research ResourcesAgence Nationale de la RechercheScottish GovernmentMutuelle Générale de l'Education NationaleRoyal SocietyDirectorate for Biological SciencesNational Institutes of Health
Mots-clésMendelian randomizationCognitionBiologyDiseaseDementiaAlzheimer's diseaseFunction (biology)NeuroscienceGeneticsBioinformaticsMedicineInternal medicineGeneGenotype

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Identifying circulating proteins associated with cognitive function may point to biomarkers and molecular process of cognitive impairment. Few studies have investigated the association between circulating proteins and cognitive function. We identify 246 protein measures quantified by the SomaScan assay as associated with cognitive function (p < 4.9E-5, n up to 7289). Of these, 45 were replicated using SomaScan data, and three were replicated using Olink data at Bonferroni-corrected significance. Enrichment analysis linked the proteins associated with general cognitive function to cell signaling pathways and synapse architecture. Mendelian randomization analysis implicated higher levels of NECTIN2, a protein mediating viral entry into neuronal cells, with higher Alzheimer's disease (AD) risk (p = 2.5E-26). Levels of 14 other protein measures were implicated as consequences of AD susceptibility (p < 2.0E-4). Proteins implicated as causes or consequences of AD susceptibility may provide new insight into the potential relationship between immunity and AD susceptibility as well as potential therapeutic targets.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,017
Tête enseignante GPT0,269
Écart entre enseignants0,252 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations22
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueCommunications BiologyMême sujetMachine Learning in BioinformaticsTravaux en français237 207