Feasibility Study Utilizing NanoString’s Digital Spatial Profiling (DSP) Technology for Characterizing the Immune Microenvironment in Barrett’s Esophagus FFPE Tissues
Notice bibliographique
Résumé
Abstract To date, characterization of the Barrett’s esophagus (BE) immune microenvironment in patients with known progression status to determine how the microenvironment may influence BE progression to esophageal adenocarcinoma (EAC) has been understudied, hindering both the biological understanding of progression and the development of novel diagnostics and therapies. Therefore, this study’s aim was to determine if highly multiplex interrogation of the immune microenvironment can be performed on endoscopic formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) samples utilizing the Nanostring GeoMx digital spatial profiling (GeoMx DSP) platform. We performed spatial proteomic analysis of 49 proteins expressed in the microenvironment and epithelial cells of histologically identical FFPE endoscopic biopsies from patients with non-dysplastic BE (NDBE) who later progressed to high-grade dysplasia (HGD) or EAC (N=7) or from patients who after at least 5 years follow up did not (N=8). In addition, we performed RNA analysis of 1,812 cancer related transcripts on a series of three endoscopic mucosal resections containing regions of normal tissue, BE, dysplasia (DYS), and EAC. Our primary goal was to determine feasibility of this approach and begin to identify the types of specific immune cell populations that may mediate the progression of pre-neoplastic BE to EAC. Spatial proteomic and transcriptomic profiling with GeoMx DSP showed reasonable quality metrics and detected expected differences between epithelium and stroma. Several proteins were found to have increased expression within non-dysplastic BE biopsies from progressors compared to non-progressors, suggesting further studies on the BE microenvironment are warranted. Summary New biological insights into the stepwise development and progression of esophageal adenocarcinoma (EAC) from Barrett’s esophagus (BE) are imperative to develop tailored approaches for early detection and optimal clinical management of the disease. This study aimed to determine the feasibility to spatially profile stromal and immunologic properties that accompany malignant transformation of BE to EAC in formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) tissues. NanoString’s Digital Spatial Profiling (DSP) technology can detect and quantify protein and RNA transcripts in a highly multiplexed manner with spatial resolution, within specific regions of interest on FFPE tissue. Here, we performed a pilot study using the Nanostring GeoMx DSP, for measurement of protein and ribonucleic acid (RNA) expression on a series of FFPE slides from endoscopic biopsies and endoscopic mucosal resections (EMR) of BE. We compare a small series of biopsies of non-dysplastic BE (NDBE) from patients who progressed to more advanced disease to patients with NBDE who did not progress and then perform RNA profiling on EMRs with a range of histologic diagnoses.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».