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Enregistrement W4388373567 · doi:10.1101/2023.11.03.565335

Target-agnostic identification of human antibodies to <i>Plasmodium falciparum</i> sexual forms reveals cross stage recognition of glutamate-rich repeats

2023· preprint· en· W4388373567 sur OpenAlexafffund
Axelle Amen, Randy Yoo, Amanda Fabra-García, Judith M. Bolscher, William J. Stone, Isabelle Bally, Sebastián Dergan‐Dylon, Iga Kucharska, Roos M. de Jong, Marloes de Bruijni, Teun Bousema, C. Richter King, Randall S. MacGill, Robert W. Sauerwein, Jean‐Philippe Julien, Pascal Poignard, Matthijs M. Jore

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueMalaria Research and Control
Établissements canadiensSickKids FoundationHospital for Sick ChildrenUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesBiological and Environmental ResearchNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesNational Institute of General Medical SciencesNational Cancer InstituteCanadian Institutes of Health ResearchNational Institutes of HealthFrench Infrastructure for Integrated Structural BiologyWellcome TrustNederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk OnderzoekAgence Nationale de la RechercheNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCanadian Light SourceHospital for Sick ChildrenCentre National de la Recherche ScientifiqueUniversity of California, San FranciscoCanadian Institute for Advanced ResearchOffice of ScienceBill and Melinda Gates FoundationBrookhaven National LaboratoryArgonne National LaboratoryU.S. Department of Energy
Mots-clésBiologyPlasmodium falciparumMonoclonal antibodyEpitopeGametocyteAntibodyAntigenPopulationGeneticsVirologyComputational biologyCell biologyMalariaImmunology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Circulating sexual stages of Plasmodium falciparum (Pf) can be transmitted from humans to mosquitoes, thereby furthering the spread of malaria in the population. It is well established that antibodies (Abs) can efficiently block parasite transmission. In search for naturally acquired Ab targets on sexual stages, we established an efficient method for target-agnostic single B cell activation followed by high-throughput selection of human monoclonal antibodies (mAbs) reactive to sexual stages of Pf in the form of gamete and gametocyte extract. We isolated mAbs reactive against a range of Pf proteins including well-established targets Pfs48/45 and Pfs230. One mAb, B1E11K, was cross-reactive to various proteins containing glutamate-rich repetitive elements expressed at different stages of the parasite life cycle. A crystal structure of two B1E11K Fab domains in complex with its main antigen, RESA, expressed on asexual blood stages, showed binding of B1E11K to a repeating epitope motif in a head-to-head conformation engaging in affinity-matured homotypic interactions. Thus, this mode of recognition of Pf proteins, previously described only for PfCSP, extends to other repeats expressed across various stages. The findings augment our understanding of immune-pathogen interactions to repeating elements of the Plasmodium parasite proteome and underscore the potential of the novel mAb identification method used to provide new insights into the natural humoral immune response against Pf . Impact Statement A naturally acquired human monoclonal antibody recognizes proteins expressed at different stages of the Plasmodium falciparum lifecycle through affinity-matured homotypic interactions with glutamate-rich repeats

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,007

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,037
Tête enseignante GPT0,305
Écart entre enseignants0,268 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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