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Enregistrement W4388541037 · doi:10.1038/s41588-023-01534-4

Characterizing prostate cancer risk through multi-ancestry genome-wide discovery of 187 novel risk variants

2023· article· en· W4388541037 sur OpenAlexafffund
Anqi Wang, Jiayi Shen, Alex A Rodriguez, Edward J. Saunders, Fei Chen, Rohini Janivara, Burcu F. Darst, Xin Sheng, Yili Xu, Alisha Chou, Sara Benlloch, Tokhir Dadaev, Mark N. Brook, Anna Plym, Ali Sahimi, Thomas J. Hoffman, Atushi Takahashi, Koichi Matsuda, Yukihide Momozawa, Masashi Fujita, Triin Laisk, Jéssica Figuerêdo, Kenneth Muir, Shuji Ito, Xiaoxi Liu, Yuji Yamanashi, Yoshinori Murakami, Akiko Nagai, Wataru Obara, Ken Yamaji, Kazuhisa Takahashi, Satoshi Asai, Yasuo Takahashi, Takao Suzuki, Nobuaki Sinozaki, Hiroki Yamaguchi, Shiro Minami, Shigeo Murayama, Kozo Yoshimori, Satoshi Nagayama, Masahiko Higashiyama, Akihide Masumoto, Yuji Uchio, Yoichiro Kamatani, Artitaya Lophatananon, Peggy Wan, Caroline Andrews, Adriana Lori, Parichoy Pal Choudhury, Johanna Schleutker, Csilla Sipeky, Anssi Auvinen, Graham G. Giles, Melissa C. Southey, Robert J. MacInnis, Cezary Cybulski, Dominika Wokołorczyk, Jan Lubiński, Christopher T. Rentsch, Kelly Cho, Benjamin H. McMahon, David E. Neal, Jenny L. Donovan, Freddie C. Hamdy, Richard M. Martin, Børge G. Nordestgaard, Sune F. Nielsen, Maren Weischer, Stig E. Bojesen, Martin Andreas Røder, Hein Vincent Stroomberg, Jyotsna Batra, Suzanne K. Chambers, Lisa G. Horvath, Judith A. Clements, Wayne D. Tilley, Gail P. Risbridger, Henrik Grönberg, Markus Aly, Robert Szulkin, Martin Eklund, Tobias Nordström, Nora Pashayan, Alison M. Dunning, Maya Ghoussaini, Ruth C. Travis, Timothy J. Key, Elio Ríboli, Jong Y. Park, Thomas A. Sellers, Hui‐Yi Lin, Demetrius Albanes, Stephanie J. Weinstein, Michael B. Cook, Lorelei A. Mucci, Edward L. Giovannucci, Sara Lindström, Peter Kraft, David J. Hunter, Kathryn L. Penney, Constance Turman, Catherine M. Tangen, Phyllis J. Goodman, Ian M. Thompson, Robert J. Hamilton, Neil E. Fleshner, Antonio Finelli, Marie‐Élise Parent, Janet L. Stanford, Elaine A. Ostrander, Stella Koutros, Laura E. Beane Freeman, Meir J. Stampfer, Alicja Wolk, Niclas Håkansson, Gerald L. Andriole, Robert N. Hoover, Mitchell J. Machiela, Karina D. Sørensen, Michael Borre, William J. Blot, Wei Zheng, James E. Mensah, Yong‐Jie Lu, Hongwei Zhang, Ninghan Feng, Xueying Mao, Shan‐Chao Zhao, Zan Sun, Shannon K. McDonnell, Daniel J. Schaid, Catharine West, Gill Barnett, Christiane Maier, Thomas Schnoeller, Manuel Luedeke, Adam S. Kibel, Bettina F. Drake, Olivier Cussenot, Géraldine Cancel‐Tassin, F. Ménégaux, Thérèse Truong, Yves Akoli Koudou, Esther M. John, Eli Marie Grindedal, Lovise Mæhle, Kay-Tee Khaw, Sue A. Ingles, Mariana C. Stern, Ana Vega, Antonio Gómez‐Caamaño, Laura Fachal, Barry S. Rosenstein, Sarah L. Kerns, Harry Ostrer, Manuel R. Teixeira, Paula Paulo, Andreia Brandão, Stephen Watya, Jeannette T. Bensen, Eboneé N. Butler, James L. Mohler, Jack A. Taylor, Manolis Kogevinas, Trinidad Dierssen-Sotos, Gemma Castaño‐Vinyals, Lisa Cannon‐Albright, Chad Huff, Patrick G. Pilié, Yao Yu, Ryan J. Bohlender, Jian Gu, Sara S. Strom, Luc Multigner, Pascal Blanchet, Laurent Brureau, Radka Kaneva, Chavdar Slavov, Vanio Mitev, Robin J. Leach, Hermann Brenner, Xuechen Chen, Bernd Holleczek, Ben Schöttker, Eric A. Klein, Ann W. Hsing, Rick A. Kittles, Adam B. Murphy, Christopher J. Logothetis, Jeri Kim, Susan L. Neuhausen, Linda Steele, Yuan Chun Ding, William B. Isaacs, Barbara Nemesure, Anselm J. M. Hennis, John D. Carpten, Hardev Pandha, Agnieszka Michael, Gert De Meerleer, Piet Ost, Jianfeng Xu, Azad Hassan Abdul Razack, Jasmine Lim, Soo‐Hwang Teo, Lisa F. Newcomb, Daniel Lin, Jay H. Fowke, Benjamin A. Rybicki, Marija Gamulin, Davor Lessel, Tomislav Kuliš, Sandeep K. Singhal, Frank Claessens, Steven Joniau, Thomas Van den Broeck, Manuela Gago-Domínguez, Jose E. Castelao, Maria Elena Martinez, Samantha Larkin, Paul A. Townsend, Claire Aukim-Hastie, William S. Bush, Melinda C. Aldrich, Dana C. Crawford, Shiv Srivastava, Jennifer Cullen, György Petrovics, Ying Wang, Joseph Lachance, Wei Tang, Richard Biritwum, Andrew A. Adjei, Evelyn Tay, Shelley Niwa, Kosj Yamoah, Anand P. Chokkalingam, Jacob M. Keaton, Jacklyn N. Hellwege, Peter E. Clark, Mohamed Jalloh, Sérigne Maguèye Gueye, Lamine Niang, Olufemi J. Ogunbiyi, Olukemi K. Amodu, Akindele O. Adebiyi, Oseremen I. Aisuodionoe-Shadrach, Hafees O. Ajibola, Mustapha A. Jamda, Olabode P. Oluwole, Maxwell Nwegbu, Ben Adusei, Sunny Mante, Afua O.D. Abrahams, Halimatou Diop‐Ndiaye, Susan Gundell, Monique J. Roobol, Guido Jenster, Ron HN van Schaik, Jennifer J. Hu, Maureen Sanderson, Linda Kachuri, Rohit Varma, Roberta McKean‐Cowdin, Mina Torres, Michael Preuß, Ruth J. F. Loos, Matthew Zawistowski, Sebastian Zöllner, Zeyun Lu, Stephen K. Van Den Eeden, Douglas F. Easton, Stefan Ambs, Todd L. Edwards, Reedik Mägi, Timothy R. Rebbeck, Lars G. Fritsche, Stephen J. Chanock, Sonja I. Berndt, Fredrik Wiklund, Hidewaki Nakagawa, John S. Witte, J. Michael Gaziano, Amy C. Justice, Nicholas Mancuso, Chikashi Terao, Rosalind A. Eeles, Zsofia Kote‐Jarai, Ravi Madduri, David V. Conti, Christopher A. Haiman

Notice bibliographique

RevueNature Genetics · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Associations and Epidemiology
Établissements canadiensUniversity of AlbertaUniversity of TorontoPrincess Margaret Cancer Centre
Organismes subventionnairesCommon FundDivision of Cancer Epidemiology and Genetics, National Cancer InstituteDOD Prostate Cancer Research ProgramHellenic Health FoundationNational Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin DiseasesNational Cancer InstituteEllison Medical FoundationInstituto de Salud Carlos IIIWorld Cancer Research FundProstate Cancer FoundationMedical Research CouncilEunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human DevelopmentU.S. Department of Health and Human ServicesUniversity of California, San FranciscoNational Institute for Health and Care ResearchVlaamse regeringNovo Nordisk FondenFondation de FranceNational Health and Medical Research CouncilUniversiti MalayaProstate Cancer Foundation of AustraliaVetenskapsrådetNational Institute of Mental HealthKU LeuvenCanadian Institutes of Health ResearchFonds Wetenschappelijk OnderzoekCancerfondenBreast Cancer Research FoundationUniversity of CambridgeU.S. Department of DefenseCancer Research UKAustralian GovernmentOvarian Cancer Research FundBundesministerium für Bildung und ForschungSwedish Cancer FoundationDeutsches KrebsforschungszentrumAssociazione Italiana per la Ricerca sul CancroNational Center for Advancing Translational SciencesKaiser PermanenteFondation ARC pour la Recherche sur le CancerNational Cancer Research InstituteRoyal Marsden NHS Foundation TrustEuropean CommissionCancer Council VictoriaDeutsche KrebshilfeOffice of Research and DevelopmentNational Institute on AgingWayne and Gladys Valley FoundationInstitut National Du CancerCancer Research InstituteNational Institutes of HealthRobert Wood Johnson Foundation
Mots-clésProstate cancerBiologyGenome-wide association studyDiseaseGenetic genealogyGeneticsGenetic association1000 Genomes ProjectCancerAncestry-informative markerProstateSingle-nucleotide polymorphismOncologyGenotypeInternal medicineGeneMedicinePopulationEnvironmental health

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The transferability and clinical value of genetic risk scores (GRSs) across populations remain limited due to an imbalance in genetic studies across ancestrally diverse populations. Here we conducted a multi-ancestry genome-wide association study of 156,319 prostate cancer cases and 788,443 controls of European, African, Asian and Hispanic men, reflecting a 57% increase in the number of non-European cases over previous prostate cancer genome-wide association studies. We identified 187 novel risk variants for prostate cancer, increasing the total number of risk variants to 451. An externally replicated multi-ancestry GRS was associated with risk that ranged from 1.8 (per standard deviation) in African ancestry men to 2.2 in European ancestry men. The GRS was associated with a greater risk of aggressive versus non-aggressive disease in men of African ancestry (P = 0.03). Our study presents novel prostate cancer susceptibility loci and a GRS with effective risk stratification across ancestry groups. A multi-ancestry genome-wide association study of prostate cancer performed in 156,319 cases and 788,443 controls identifies 187 novel risk variants associated with the disease. Genetic risk scores associated with overall risk, and risk of aggressive disease in men of African ancestry.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,194
Score d'incertitude au seuil0,986

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,020
Tête enseignante GPT0,301
Écart entre enseignants0,281 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations143
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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