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Enregistrement W4388654465 · doi:10.1038/s42254-023-00655-3

How to verify the precision of density-functional-theory implementations via reproducible and universal workflows

2023· review· en· W4388654465 sur OpenAlexafffund
Emanuele Bosoni, Louis Beal, Marnik Bercx, Peter Blaha, Stefan Blügel, J. D. Broder, Martin Callsen, Stefaan Cottenier, Augustin Degomme, Vladimir Dikan, Kristjan Eimre, Espen Flage−Larsen, Marco Fornari, Alberto Garcı́a, Luigi Genovese, Matteo Giantomassi, Sebastiaan P. Huber, Henning Janssen, Georg Kastlunger, Matthias Krack, Georg Kresse, Thomas D. Kühne, Kurt Lejaeghere, Georg K. H. Madsen, Martijn Marsman, Nicola Marzari, Gregor Michalicek, Hossein Mirhosseini, Tiziano Müller, Guido Petretto, Chris J. Pickard, Samuel Poncé, Gian‐Marco Rignanese, Oleg Rubel, Thomas Ruh, Michael Sluydts, Danny E. P. Vanpoucke, Sudarshan Vijay, Michael Wolloch, Daniel Wortmann, Aliaksandr V. Yakutovich, Ju‐Song Yu, Austin Zadoks, Bonan Zhu, Giovanni Pizzi

Notice bibliographique

RevueNature Reviews Physics · 2023
Typereview
Langueen
DomaineMaterials Science
ThématiqueMachine Learning in Materials Science
Établissements canadiensMcMaster University
Organismes subventionnairesInstitute for Materials Research, Tohoku UniversityNational Center of Competence in Research Materials’ Revolution: Computational Design and Discovery of Novel MaterialsEuropean Regional Development FundDepartment of Materials Science and Metallurgy, University of CambridgeGauss Centre for SupercomputingUniversität PaderbornRWTH Aachen UniversityEngineering and Physical Sciences Research CouncilCommissariat à l'Énergie Atomique et aux Énergies AlternativesDanmarks Tekniske UniversitetHelmholtz-Zentrum Dresden-RossendorfÉcole Polytechnique Fédérale de LausanneUniversiteit GentUniversität WienAustrian Science FundMcMaster UniversityPartnership for Advanced Computing in Europe AISBLEuropean CommissionDivision of Materials ResearchAcademia SinicaAgencia Estatal de InvestigaciónSchweizerischer Nationalfonds zur Förderung der Wissenschaftlichen ForschungPaul Scherrer InstitutFonds Wetenschappelijk OnderzoekVlaams Supercomputer CentrumVlaamse regeringFonds De La Recherche Scientifique - FNRSCentral Michigan UniversityForschungszentrum JülichArcelorMittalVillum FondenNational Science Foundation
Mots-clésImplementationComputer scienceWorkflowDensity functional theoryProgramming languageTheoretical computer scienceDatabaseChemistryComputational chemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Density-functional theory methods and codes adopting periodic boundary conditions are extensively used in condensed matter physics and materials science research. In 2016, their precision (how well properties computed with different codes agree among each other) was systematically assessed on elemental crystals: a first crucial step to evaluate the reliability of such computations. In this Expert Recommendation, we discuss recommendations for verification studies aiming at further testing precision and transferability of density-functional-theory computational approaches and codes. We illustrate such recommendations using a greatly expanded protocol covering the whole periodic table from Z = 1 to 96 and characterizing 10 prototypical cubic compounds for each element: four unaries and six oxides, spanning a wide range of coordination numbers and oxidation states. The primary outcome is a reference dataset of 960 equations of state cross-checked between two all-electron codes, then used to verify and improve nine pseudopotential-based approaches. Finally, we discuss the extent to which the current results for total energies can be reused for different goals. Verification efforts of density-functional theory (DFT) calculations are of crucial importance to evaluate the reliability of simulation results. In this Expert Recommendation, we suggest metrics for DFT verification, illustrating them with an all-electron reference dataset of 960 equations of state covering the whole periodic table (hydrogen to curium) and discuss the importance of improving pseudopotential codes.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,044
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,135
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: Reproductibilité · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,956
Score d'incertitude au seuil0,233

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0440,135
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,003
Bibliométrie0,0020,002
Études des sciences et des technologies0,0010,002
Communication savante0,0050,007
Science ouverte0,0060,003
Intégrité de la recherche0,0020,005
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0100,008

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,058
Tête enseignante GPT0,365
Écart entre enseignants0,307 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Devis d'étudeSans objet
DomaineReproductibilité
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations76
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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