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Enregistrement W4388704142 · doi:10.26434/chemrxiv-2023-v9841-v2

DELFI: A computer oracle for recommending density functionals for excited states calculations

2023· preprint· en· W4388704142 sur OpenAlexafffund
Davide Avagliano, Marta Skreta, Sebastian Arellano-Rubach, Alán Aspuru‐Guzik

Notice bibliographique

RevueChemRxiv · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineMaterials Science
ThématiqueMachine Learning in Materials Science
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesCanada First Research Excellence FundNatural Resources CanadaUniversity of TorontoAlliance de recherche numérique du CanadaGovernment of Ontario
Mots-clésExcited stateDensity functional theoryOracleComputer scienceManifold (fluid mechanics)Point (geometry)AlgorithmStatistical physicsPhysicsQuantum mechanicsMathematics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Density functional theory (DFT) is known as the workhorse of computational quantum chemistry. One of its main limitations, if not the main one, is that choosing the right functional to employ is a non-trivial task left for human experts. The choice is particularly hard for excited states calculations, when using the time-dependent formulation of DFT (TD-DFT). This is not only due to the approximations and limitations of the method, but also because the photophysical properties of a molecule are defined by a manifold of states that all need to be properly described in a balanced manner to obtain an accurate photochemical picture. This includes not only the relative energy of the states, but also capturing the correct character, order and intensity of the transitions. In this work, we developed a scoring system to quantitatively define the accuracy of an excited states calculation by simultaneously considering at the same time all these properties of a manifold of states. The scoring system is generalizable to any level of theory, we here applied it to a large dataset of organic molecules, calculating 38 scores for as many common functionals of different type and rung, against a higher accuracy method for a total of more than 820.000 single point calculations. The results of these calculations are collected in a database that we released and made it open, providing 4 million datapoints to be used by the community for future applications. We used the scores we extrapolated to train a graph attention neural network that is used to predict the 38 scores for molecules represented as 2D graphs. We call this oracle DELFI (Data-driven EvaLuation of Functionals by Inference), which can be used to quickly screen and predict the ranking of functionals to calculate optical properties of organic molecules. A corresponding web application allows to easily run DELFI and analyze the results, alleviating the hurdle of choosing the right functional for TD-DFT calculations.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: Simulation ou modélisation
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,440
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,081
Tête enseignante GPT0,341
Écart entre enseignants0,260 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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