Epigenetic-focused CRISPR/Cas9 screen identifies (absent, small, or homeotic)2-like protein (ASH2L) as a regulator of glioblastoma cell survival
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Glioblastoma is the most common and aggressive primary brain tumor with extremely poor prognosis, highlighting an urgent need for developing novel treatment options. Identifying epigenetic vulnerabilities of cancer cells can provide excellent therapeutic intervention points for various types of cancers. METHOD: In this study, we investigated epigenetic regulators of glioblastoma cell survival through CRISPR/Cas9 based genetic ablation screens using a customized sgRNA library EpiDoKOL, which targets critical functional domains of chromatin modifiers. RESULTS: Screens conducted in multiple cell lines revealed ASH2L, a histone lysine methyltransferase complex subunit, as a major regulator of glioblastoma cell viability. ASH2L depletion led to cell cycle arrest and apoptosis. RNA sequencing and greenCUT&RUN together identified a set of cell cycle regulatory genes, such as TRA2B, BARD1, KIF20B, ARID4A and SMARCC1 that were downregulated upon ASH2L depletion. Mass spectrometry analysis revealed the interaction partners of ASH2L in glioblastoma cell lines as SET1/MLL family members including SETD1A, SETD1B, MLL1 and MLL2. We further showed that glioblastoma cells had a differential dependency on expression of SET1/MLL family members for survival. The growth of ASH2L-depleted glioblastoma cells was markedly slower than controls in orthotopic in vivo models. TCGA analysis showed high ASH2L expression in glioblastoma compared to low grade gliomas and immunohistochemical analysis revealed significant ASH2L expression in glioblastoma tissues, attesting to its clinical relevance. Therefore, high throughput, robust and affordable screens with focused libraries, such as EpiDoKOL, holds great promise to enable rapid discovery of novel epigenetic regulators of cancer cell survival, such as ASH2L. CONCLUSION: Together, we suggest that targeting ASH2L could serve as a new therapeutic opportunity for glioblastoma. Video Abstract.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».