<i>IDH1</i>‐mutated Crohn's disease‐associated small bowel adenocarcinomas: Distinctive pathological features and association with <i>MGMT</i> methylation and serrated‐type dysplasia
Notice bibliographique
Résumé
AIMS: Patients with Crohn's disease (CrD) have an elevated risk for the development of small bowel adenocarcinomas (SBAs). Actionable isocitrate dehydrogenase 1 (IDH1) mutations have been reported to be more frequent in CrD-SBAs than in sporadic SBAs. The present study aimed to investigate the clinicopathological and immunophenotypical features, as well as methylation profiles, of IDH1-mutated CrD-SBAs. METHODS AND RESULTS: An international multicentre series of surgically resected CrD-SBAs was tested for IDH1 mutation. Clinicopathological features, immunophenotypical marker expression and O6-methylguanine-DNA methyltransferase (MGMT) and long interspersed nuclear element-1 (LINE-1) methylation were compared between IDH1-mutated and IDH1 wild-type CrD-SBAs. Ten (20%) of the 49 CrD-SBAs examined harboured an IDH1 mutation and all the mutated cancers harboured the R132C variant. Compared to IDH1 wild-type cases, IDH1-mutated CrD-SBAs showed significantly lower rates of cytokeratin 7 expression (P = 0.005) and higher rates of p53 overexpression (P = 0.012) and MGMT methylation (P = 0.012). All three dysplastic growths associated with IDH1-mutated SBAs harboured the same IDH1 variant (R132C) of the corresponding invasive cancer, and all were of non-conventional subtype (two serrated dysplastic lesions and one goblet cell-deficient dysplasia). In particular, non-conventional serrated dysplasia was significantly associated with IDH1-mutated CrD-SBAs (P = 0.029). No significant cancer-specific survival difference between IDH1-mutated CrD-SBA patients and IDH1 wild-type CrD-SBA patients was found (hazard ratio = 0.55, 95% confidence interval = 0.16-1.89; P = 0.313). CONCLUSIONS: IDH1-mutated CrD-SBAs, which represent approximately one-fifth of total cases, are characterised by distinctive immunophenotypical features and methylation profiles, with potential therapeutic implications. Moreover, IDH1-mutated non-conventional, serrated dysplasia is likely to represent a precursor lesion to such CrD-SBAs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».