Influence of NSAID Flurbiprofen on Protein Helix‐helix Interactions
Notice bibliographique
Résumé
The mechanism of action of non‐steroidal anti‐inflammatory drugs (NSAIDs) is not fully understood, however, there is now some reports signifying that they may inter chelate into the membrane consequently influencing integral membrane protein folding. Given the recent appreciation of the microbiome, we considered investigating the influence of NSAIDS on the folding of bacterial multidrug resistance proteins. In this work, the Bacterial Adenylate Cyclase Two‐hybrid System (BACTH) was used to study the protein‐protein interactions of EmrE, from Escherichia coli , which is an inner integral membrane protein belonging to the Small Multi‐drug Resistant family. The in vivo BACTH assay was used as a technique to develop an enhanced understanding of the helix interactions of this protein as it resides within the membrane. In particular, a glycine motif found on helix 4 has been observed to be critical for the oligomerization and functionality of EmrE, in agreement to the known importance of these motifs in membrane proteins. In recent years it has been revealed that certain NSAIDs have the ability to bind to glycine motifs and enhance or disturb transmembrane segment interactions. Flurbiporfen, a common NSAID, was used in this work to explore if this drug would affect EmrE. Upon increasing concentrations of flurbiprofen it was found that the interactions between certain integral helix pairs were strengthened, whereas the interaction between the leucine zipper peptides, which was used as a positive for this work, demonstrated a decrease in helix interaction. Our work suggests that these drugs could influence bacterial protein structure and function.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».