Genome‐Wide Screen for <i>Escherichia coli</i> [NiFe]‐Hydrogenase Maturation Factors
Notice bibliographique
Résumé
[NiFe]‐hydrogenases catalyze the reversible oxidation of hydrogen gas at an intricate bimetallic active site to facilitate the anaerobic growth of many bacteria and archaea.(1) The maturation of this enzyme relies on a network of cellular pathways: for instance, the incorporation of nickel and iron cofactors both rely on specific metallochaperones as well as their respective metal homeostasis networks.(2) Therefore, [NiFe]‐hydrogenase activity can serve as a beacon for many related biochemical pathways. Furthermore, the ability to tune [NiFe]‐hydrogenase activity has garnered much interest for potential applications to the hydrogen economy and as a novel antibiotic target.(3,4) However, current methodologies to measure hydrogenase activity are time consuming and require specialized equipment, limiting discoveries of novel hydrogenase‐related applications. In order to answer these issues, we designed, optimized, and validated a [NiFe]‐hydrogenase assay in E. coli that is amenable to high‐throughput screening. We have applied this assay to screen the Keio collection(5) in search of the remaining genes that contribute, directly or indirectly, to [NiFe]‐hydrogenase maturation. Here we report the discovery and characterization of genes that had no previously known function. Support or Funding Information This work was supported in part by funding from the Natural Science and Engineering Research Council (Canada) and the Canadian Institutes of Health Research.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».