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Enregistrement W4389023590 · doi:10.1096/fasebj.30.1_supplement.833.10

Structural And Functional Analysis Of Acetylcholinesterase Complexes With “In Situ Click‐Chemistry” Inhibitors

2016· article· en· W4389023590 sur OpenAlexfundno aff
P. Marchot, K. Barry Sharpless, Palmer Taylor, Yves Bourne

Notice bibliographique

RevueThe FASEB Journal · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCholinesterase and Neurodegenerative Diseases
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesPacific Institute for Climate Solutions
Mots-clésChemistryActive siteCycloadditionClick chemistryStereochemistryAcetylcholinesteraseLigand (biochemistry)AlkyneTriazoleAzideBinding siteEnzymeCombinatorial chemistryBiochemistryOrganic chemistryReceptorCatalysis

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Ligand binding sites on acetylcholinesterase (AChE) comprise the active center, buried at the base of a deep and narrow gorge lined by aromatic residues, and the peripheral anionic site, located at the gorge entry. These features propelled AChE as an initial reaction vessel suited for in situ click‐chemistry synthesis of high‐affinity syn ‐TZ2PA6 and TZ2PA5 inhibitors, forming a central syn ‐triazole upon cycloaddition within the gorge from alkyne and azide reactants bound to the active site and peripheral site, respectively [1,2]. Subsequent crystallographic analyses of mouse AChE or its Tyr337Ala mutant in complexes with the syn‐ and anti ‐TZ2PA6 regioisomers demonstrated that association of the syn product is accompanied by distinctive side chain positions, freezing‐in‐frame a conformation distinct from an unbound state or an anti complex [3,4]. To correlate the inhibitor dimensions with reactivity and explore whether cycloaddition can occur in a crystalline template, we developed crystal‐soaking procedures and solved structures of AChE complexes with the two TZ2PA5 regioisomers and their TZ2 and PA5 precursors [5]. These new structures, complementary to those of the preformed TZ2PP6 complexes, point to yet undescribed motions in the active site and at the gorge mouth associated with TZ2 binding and reveal coordinated side chain motions that guide the enzyme toward a state favoring syn ‐triazole formation. We will present the rationale of the work, describe those molecular determinants that dictate, in a rate‐limiting step, proper alignment of the azide and alkyne reactants to form the triazole product within the gorge, and compare our data with those from other in situ click chemistry studies. Support or Funding Information Supported by grants RO‐1‐GM18360‐41 and UO1‐NS 058046 (to PT) and by CNRS grants “Action CNRS/USA” and “PICS” (to PM and YB)

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,025
Tête enseignante GPT0,271
Écart entre enseignants0,246 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2016
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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