Functional Cooperativity Between the Trigger Factor Chaperone and the ClpXP Degradation System
Notice bibliographique
Résumé
Comprehensive bioinformatic analyses demonstrated the conservation of the close proximity of the tig gene coding for the ribosome‐associated chaperone trigger factor (TF) chaperone and the genes coding for the ClpXP proteolytic complex suggesting the possible functional association between the protein folding and the protein degradation systems. Genome‐wide genetic interaction studies further supported such an observation. The effect of TF on ClpXP‐dependent degradation varied depending on the nature of the substrate. For some substrates, TF slowed down their degradation by ClpXP, while for others it had no effect. Surprisingly, for a third class of substrates, TF increased the degradation rate. The ClpXP‐dependent degradation of the λ phage replication protein λO was significantly enhanced by TF in vitro and in vivo . TF was found to interact with both ClpX and λO with similar affinities and to enhance the ClpXP‐mediated degradation of ribosome‐stalled λO nascent chains. Experiments suggest that TF transfers λO to ClpX for eventual degradation by the ClpP serine protease and that this could occur cotranslationally. Globally, it is estimated that TF enhances the degradation of about 2% of newly synthesized E. coli proteins. This reveals a new role for TF in facilitating the degradation of newly translated proteins and the potential presence of cotranslational degradation in bacteria. Support or Funding Information Canadian Institutes of Health Research
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».