2074. Longitudinal wastewater surveillance for endemic respiratory viruses and its correlation with clinically confirmed cases in Calgary, Canada
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Wastewater (WW)-based surveillance of SARS-CoV-2 is an established tool for COVID-19 pandemic monitoring, providing a leading indicator to cases and hospitalizations. However, its potential for monitoring endemic respiratory viruses has not been elucidated. We assessed the occurrence of Influenza A (IAV), Influenza B (IBV), and Respiratory Syncytial Virus (RSV) RNA in WW treatment plants (WWTP) in Alberta's largest city and its correlation with clinical disease. Methods Twenty-four-hour composite WW samples were collected weekly from three WWTP in Calgary between Mar'22/Apr'23. WW was concentrated and RNA extracted using the 4S-Silica Column. Viral RNA was quantified using a commercial TaqMan assay (IAV, Assay ID Vi99990011 po, Applied Biosystems) and established RT-qPCR assays targeting: the hemagglutinin gene (IBV) and nucleocapsid gene (RSV). Flow rates at each WWTP were used to create a composite city-wide metric for each target. WW values were compared to clinical data reported by Alberta Health Services and reported as total cases and test positivity rates across the Calgary Zone (or entire Province if granular data was unavailable). Results IAV peaked in Calgary's WW between November-December 2022, IBV between February-April 2023 and RSV between November 2022-February 2023 (Figure 1,2,3). The composite-IAV signal positively correlated with weekly confirmed clinical cases within the Calgary Zone (Spearman's r= 0.83, p< 0.0001 for signals recorded the same week, and r= 0.85, p< 0.0001 for the prior week). The positive correlation existed regardless of influenza typed as H3N2, H1N1 or untyped. Furthermore, specimen test positivity rates across the entire province correlated with Calgary's WW measured IAV (Spearman's r= 0.88, p< 0.0001). The IBV WW signal correlated with clinical cases (Spearman's r= 0.63, p< 0.0001) and test positivity rates (Spearman's r= 0.74, p< 0.0001) across the entire province. Calgary's RSV WW correlated with clinical cases (Spearman's r= 0.56, p=0.001) and test positivity rates (Spearman's r= 0.50, p=0.007) across Alberta.Figure 1.Comparison of aggregate WW IAV in Calgary compared to locally confirmed clinical cases.Figure 2.Trend of aggregate WW IBV signal in Calgary compared to clinically confirmed cases.Figure 3.Trend of aggregate signal in Alberta for RSV compared to clinically confirmed cases over time measured. There is a peak in the RSV signal from November 2022 to February 2023, with a correlation to Alberta’s weekly confirmed clinical cases. Conclusion WW surveillance is an emerging technology enabling objective, unbiased and inclusive population-level monitoring of endemic respiratory viral infections. Disclosures All Authors: No reported disclosures
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».