2187. Earliest Description of Mobile Genetic Elements (MGEs) Involved in Establishing <i>bla</i>NDM Persistence Following its Spread From <i>Acinetobacter</i> spp. to Enterobacterales
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background bla NDM is the most prevalent carbapenemase worldwide. It originated in Acinetobacter spp. and spread to Enterobacterales on MGEs despite bottlenecks in MGE transfers between, and persistence within, these phylogenetically distinct bacteria. To elucidate how this transfer and successful expansion were achieved, we investigated MGEs among the earliest NDM-positive Gram-negative bacteria (GNB), isolated in India in 2007. Methods Thirteen polymerase chain reaction-confirmed NDM-positive GNB underwent whole-genome sequencing (Illumina NovaSeq and Oxford Nanopore Technologies MinION) and computational analyses: assembly (Unicycler and Trycycler), annotation (RAST), identification (Kraken2), plasmid incompatibility (PlasmidFinder). Results Single copies of blaNDM-1 were found in 12 Enterobacterales (6 K. pneumoniae; 3 E. coli; 2 E. cloacae; 1 E. hormaechei) and 1 A. baumannii (Ab), located on plasmids in 11/13 strains: 6 IncC, 3 IncFII, 2 IncFIB (Figure 1). Partial or complete ISAba125 was found upstream of all blaNDM, with a second complete downstream copy forming Tn125 only in Ab. blaNDM's genetic environment was highly diverse including the earliest evidence of its association with MGEs that participated in its global dissemination: insertion sequence common region 1 (ISCR1, n=5) and Tn3000 (n=4). IS3000, present in 2 copies bracketing Tn3000, was also found in single copies in 4 strains at varying distances upstream of blaNDM. In 3/4 of these, ISCR1 was downstream of blaNDM. These hybrid constructs may represent precursors leading to the formation of these MGEs, or degenerate structures. Figure 1: Genetic environment surrounding blaNDM in 13 Gram-negative bacteria isolated in India in 2007. Acibau: Acinetobacter baumannii; Entclo: Enterobacter cloacae; Enthor: Enterobacter hormaechei; Esccol: Escherichia coli; Klepne: Klebsiella pneumoniae. Conclusion We present evidence of early, rapid and diverse adaptation of blaNDM’s genetic environment following its transfer from Acinetobacter spp. to Enterobacterales. We identify for the first time potentially intermediate genetic structures in the transition between the ancestral Tn125 structure from Acinetobacter spp., and both ISCR1 and Tn3000, which overtook Tn125 as the predominant MGEs among NDM-positive Enterobacterales. Additional sequencing of early NDM-positive isolates could shed more light on the genetic events leading to the formation of MGEs associated with blaNDM, furthering our understanding of the emergence of MGEs carrying antibiotic-resistance genes. Disclosures All Authors: No reported disclosures
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».