560. Circulating <i>Pneumocystis jirovecii</i> Genotypes in Central-Eastern Canada
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Genotyping allows description of Pneumocystis jirovecii (Pjp) heterogenous population structure and clusters linked to nosocomial transmission. It may also reveal mutations associated with resistance to antimicrobials. Recently, a multilocus sequence typing (MLST) scheme by Pasic et al. (2020) has been adopted by International Society for Human & Animal Mycology (ISHAM) as the typing method of choice for this fungus. Methods We analyzed Pjp specimens submitted to the Laboratoire de santé publique du Québec for genotyping between February 2013 and March 2023. The loci genotyped were those used in the Pasic et al. scheme (mt26s, CYB, SOD, B-TUB) with the addition of dihydropteroate synthase (DHPS). Results 296 specimens from Central-Eastern Canada were genotyped: 266 from Quebec, 29 from Ontario, 1 from New Brunswick. Most specimens were submitted as part of outbreak investigations. 187 complete (161 unique and 26 mixed) and 109 incomplete genotypes were obtained. Among specimens with complete and unique genotypes, 87 isolates matched with 23 previously known sequence-types (ST), according to ISHAM MLST scheme. Twenty-four new ST with currently known alleles were described. We also identified 36 isolates with previously undescribed alleles which resulted in 21 new distinct ST. MLST typing allowed epidemiological description of 9 outbreaks. Out of 243 specimens for which DHPS amplification was possible, only one showed a mutation (DHPS 57) previously linked to trimethoprim-sulfamethoxazole resistance. This contrasts with high prevalence of mutant strains seen in some countries. ST-52 was the most prevalent with 32 isolates (20% of strains with complete and unique genotypes) and was involved in 3 outbreaks. A specific CYB mutation (G369T) conferring resistance to atovaquone was uncovered in 18 ST-52 isolates, all associated with an outbreak in one hospital. Conclusion This is the first multicenter study to describe circulating genotypes of Pjp in Central-Eastern Canada. It represents the largest genotyping assembly performed according to the recent ISHAM MLST scheme. We described 45 new ST to be added to ISHAM’s 52 current genotypes. Our study highlights the usefulness of MLST typing in Pjp outbreak investigation and identification of potentially resistant isolates. Disclosures Simon F. Dufresne, MD, AvirPharma Inc.: Grant/Research Support|Merck Canada Inc.: Grant/Research Support Alex Carignan, MD, MSc, GSK: Advisor/Consultant|GSK: Grant/Research Support|GSK: Honoraria|Moderna: Advisor/Consultant|Moderna: Honoraria|Orimed Pharma: Advisor/Consultant|Pfizer: Advisor/Consultant|Pfizer: Grant/Research Support|Pfizer: Honoraria
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».